RNAseq的分析目前已經非常火紅的工具，相對於非模式生物的研究，要從頭把reference genome組起來，不如只接從transcriptome做起，在經費有限下是不錯的選擇，而如何最佳化這樣的分析是此論文的重點。

此篇論文主要有使用的分析軟體有：eggNOC、Trinity、SOAPdenovo-trans，其主要是分析蜥蜴胚胎（Madagascar ground gecko）三個發育時期的轉錄體，為了提高其在de novo assembled transcript sequences的完整性，其使用vertebrate one-to-one orthologs來作為reference。

其方法是基於調整RNA library、read lengths和insert sizes，加上使用有233個同源基因的對照組（one-to-one orthologs 來自29種species），最後使用CEGMA和BUSCO來執行completeness assessment，展現了此分析方式有效地提升的精準度。

Hara Y, Tatsumi K, Yoshida M, Kajikawa E, Kiyonari H, Kuraku S. (2015) Optimizing and benchmarking de novo transcriptome sequencing: from library preparation to assembly evaluation. BMC Genomics 16(1):977. [article]