閱讀自Practical Computing for biologists by Haddock Dunn
command line的工作環境是一開始生物背景跨進生資分析的障礙之一，相對於已經被圖形介面（Graphical User Line）的電腦環境所嬌生慣養，要說服我們從舒適的圖形介面跳進黑壓壓的指令框框，想必要有強而有力的說詞，這邊就要說說圖形介面的壞處：
- 生資分析常常要做複雜的步驟來處理資料，或是同樣的步驟操作多次，這些工作要是再圖形介面下不知道要用滑鼠點到什麼時候。
- 一般在GUI的環境下，大部分的分析都不會留下log黨，讓我們去回顧可能是哪一個步驟做錯了，而在command line下則很方便能把不同分析步驟發生的事情紀錄在log中，等出問題的時候方便除錯
- 叢集電腦系統不支持圖形化介面的操作，當我們需要使用更加計算能力時，使用圖形介面會是個問題
- 對於軟體開發者來說，圖形介面的軟體開發複雜且不同平台使用會需要調整，所以在軟體更新上，command line操作環境下的軟體更新的較快！
以上的問題，其實很明顯地想要處理大型資料就必須要克服這個恐懼感。
基礎的unix command 知識：
- 相對路徑和絕對路徑
- 相對路徑的使用：
- ~ 代表home目錄
- .. 代表前一個目錄
- . 代表目前目錄
- cd 可以用來在系統路徑中移動
- 基礎指令：
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指令
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功能
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ls
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當下目錄的檔案 |
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pwd
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目前目錄之路徑
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mkdir
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建立資料夾
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rmdir
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移除資料夾
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rm
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移除檔案
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less
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看檔案
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man
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查看指令說明
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cp
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複製檔案
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mv
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移動檔案或是重新命名 |
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