給生物學家的計算分析(四):進入shell

閱讀自Practical Computing for biologists by Haddock Dunn

command line的工作環境是一開始生物背景跨進生資分析的障礙之一,相對於已經被圖形介面(Graphical User Line)的電腦環境所嬌生慣養,要說服我們從舒適的圖形介面跳進黑壓壓的指令框框,想必要有強而有力的說詞,這邊就要說說圖形介面的壞處:
  • 生資分析常常要做複雜的步驟來處理資料,或是同樣的步驟操作多次,這些工作要是再圖形介面下不知道要用滑鼠點到什麼時候。
  • 一般在GUI的環境下,大部分的分析都不會留下log黨,讓我們去回顧可能是哪一個步驟做錯了,而在command line下則很方便能把不同分析步驟發生的事情紀錄在log中,等出問題的時候方便除錯
  • 叢集電腦系統不支持圖形化介面的操作,當我們需要使用更加計算能力時,使用圖形介面會是個問題
  • 對於軟體開發者來說,圖形介面的軟體開發複雜且不同平台使用會需要調整,所以在軟體更新上,command line操作環境下的軟體更新的較快!
以上的問題,其實很明顯地想要處理大型資料就必須要克服這個恐懼感。
基礎的unix command 知識:
  • 相對路徑和絕對路徑
  • 相對路徑的使用:
    • ~   代表home目錄
    • ..  代表前一個目錄
    • .   代表目前目錄
  • cd 可以用來在系統路徑中移動
  • 基礎指令:
指令
功能
ls
當下目錄的檔案
pwd
目前目錄之路徑
mkdir
建立資料夾
rmdir
移除資料夾
rm
移除檔案
less
看檔案
man
查看指令說明
cp
複製檔案
mv
移動檔案或是重新命名

發表迴響

在下方填入你的資料或按右方圖示以社群網站登入:

WordPress.com Logo

您的留言將使用 WordPress.com 帳號。 登出 / 變更 )

Twitter picture

您的留言將使用 Twitter 帳號。 登出 / 變更 )

Facebook照片

您的留言將使用 Facebook 帳號。 登出 / 變更 )

Google+ photo

您的留言將使用 Google+ 帳號。 登出 / 變更 )

連結到 %s