RNAseq可用來研究的主題

Han Y, Gao S, Muegge K, Zhang W, Zhou B. (2015) Advanced Applications of RNA Sequencing and Challenges. Bioinform Biol Insights 9(Suppl 1):29-46. [article]

RNAseq的資料為high resolution到single base,可應用範圍寬廣

RNAseq的技術可以用來區分許多不同種類的transcripts像是long non-coding RNA、miRNA、siRNA、snRNA、piRNA,以及他們如何調控蛋白質的translation或是調控chromatin states

RNAseq也可以用來研究enhancer region的transcripts表現量,這可能跟epigenetic gene regulation相關,可以稱這類型的transcripts為enhancer RNA

從RNAseq的資料可以取得transciption start sites、alternative promoter usage、mRNA isoforms (alternative splicing)、mRNA 穩定性(premature transciption termination at the 3′ )

Locating regulatory element

Allele-specific expression、disease-associated single nucleotide polymorphisms(SNP)、fusion gene for causal variants in cancer

Transcription of endogenous retrotransposons and parasitic repeat elements that influence the transcription of neighboring genes or result in somatic mosaicism in the brain

發表迴響

在下方填入你的資料或按右方圖示以社群網站登入:

WordPress.com Logo

您的留言將使用 WordPress.com 帳號。 登出 / 變更 )

Twitter picture

您的留言將使用 Twitter 帳號。 登出 / 變更 )

Facebook照片

您的留言將使用 Facebook 帳號。 登出 / 變更 )

Google+ photo

您的留言將使用 Google+ 帳號。 登出 / 變更 )

連結到 %s