Ensembl API(二):安裝 API

假如不害怕英文的話,這邊有很詳細的官方安裝簡介還有影片

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Ensembl資料主要是用MySQL所搭建的關聯資料庫,而Ensembl API則是寫好的各種Perl package來讀取裡頭儲存之資料,在上一篇有介紹過,Ensembl資料庫有三大主要資料庫:Core、Compara和Variation,每個資料庫都有不同的API需要安裝,當然,Ensembl團隊有準備好可以直接全部API安裝的方式,這邊的API不只是單純可以用來Query Ensembl資料庫,也可以用來搭建自己資料庫使用Ensembl的Schema來管理和運作,這部分又更進階了些。

 

舉例如何安裝Ensembl API

  • 下載他們的壓縮檔

           mkdir src
           cd src
           wget  ftp://ftp.ensembl.org/pub/ensembl-api.tar.gz
           wget  http://bioperl.org/DIST/BioPerl-1.6.1.tar.gz

  • 解壓縮

            tar zvxf ftp://ftp.ensembl.org/pub/ensembl-api.tar.gz 
            tar zvxf  http://bioperl.org/DIST/BioPerl-1.6.1.tar.gz

  • 重設環境變數
    PERL5LIB=${PERL5LIB}:${HOME}/src/bioperl-1.6.1
    PERL5LIB=${PERL5LIB}:${HOME}/src/ensembl/modules
    PERL5LIB=${PERL5LIB}:${HOME}/src/ensembl-compara/modules
    PERL5LIB=${PERL5LIB}:${HOME}/src/ensembl-variation/modules
    PERL5LIB=${PERL5LIB}:${HOME}/src/ensembl-funcgen/modules
    export PERL5LIB
    

另外一種安裝方式,可以使用git來安裝,這種方式比較scalable,是可以來練習一下!

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