文獻閱讀:RNAseq在臨床應用的可能和挑戰(中)

原始論文:Byron, S. A., Van Keuren-Jensen, K. R., Engelthaler, D. M., Carpten, J. D., & Craig, D. W. (2016). Translating RNA sequencing into clinical diagnostics: opportunities and challenges. Nature Reviews Genetics, 17(5), 257–271. doi:10.1038/nrg.2016.10

文獻閱讀:RNAseq在臨床應用的可能和挑戰(中)

承襲上篇閱讀的內容,這邊談到論文的第二部分,即如何應用RNA sequencing於感染性疾病:

 可將RNAsequencing用來作為RNA-based相關病原體的診斷使用

目前臨床上重要的RNA virus如愛滋病(HIV)、伊波拉病毒(Ebola)、登革熱(Dengue)、肝炎(Hepatitis) 、流行性感冒等在醫院裡面都是使用qRT-PCR assay作為檢驗工具,這些都有可能在未來可直接用RNAsequencing來取代,除此之外,也可以用來追蹤某個疫情的爆發,像2014年的伊波拉病毒大爆發,便是使用amplicon sequencing的技術來追蹤

用來診斷傳統培養方式難以確診的細菌感染

一部份的感染疾病,其感染部位的不可性,再加上感染的細菌量少,用培養的方式通常要很久,且不一定正確,如臨床上腦膜炎的感染,確診的話會需要抽脊髓液且不一定能培養出東西,要是能從病人血液中檢驗到少許病原體的RNA便能解決,畢竟抽脊髓液本身在臨床處置上是很侵入式的,另一方面,如Mycobacterium tuberculosis的診斷用傳統方式會有問題,使用 RNAseq來提早確診外(這類細菌培養的時間都非常長,甚至幾週),也能從其transcriptome來判斷其抗藥性。

但目前來說,相對於傳統的 qt-PCR assay,使用RNAsequence在傳統的實驗中會有很大的分佈統計上的問題!

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