原始論文：Byron, S. A., Van Keuren-Jensen, K. R., Engelthaler, D. M., Carpten, J. D., & Craig, D. W. (2016). Translating RNA sequencing into clinical diagnostics: opportunities and challenges. Nature Reviews Genetics, 17(5), 257–271. doi:10.1038/nrg.2016.10

文獻閱讀：RNAseq在臨床應用的可能和挑戰(中)

承襲上篇閱讀的內容，這邊談到論文的第二部分，即如何應用RNA sequencing於感染性疾病:

 可將RNAsequencing用來作為RNA-based相關病原體的診斷使用

目前臨床上重要的RNA virus如愛滋病（HIV）、伊波拉病毒（Ebola）、登革熱（Dengue）、肝炎（Hepatitis） 、流行性感冒等在醫院裡面都是使用qRT-PCR assay作為檢驗工具，這些都有可能在未來可直接用RNAsequencing來取代，除此之外，也可以用來追蹤某個疫情的爆發，像2014年的伊波拉病毒大爆發，便是使用amplicon sequencing的技術來追蹤。

用來診斷傳統培養方式難以確診的細菌感染

一部份的感染疾病，其感染部位的不可性，再加上感染的細菌量少，用培養的方式通常要很久，且不一定正確，如臨床上腦膜炎的感染，確診的話會需要抽脊髓液且不一定能培養出東西，要是能從病人血液中檢驗到少許病原體的RNA便能解決，畢竟抽脊髓液本身在臨床處置上是很侵入式的，另一方面，如Mycobacterium tuberculosis的診斷用傳統方式會有問題，使用 RNAseq來提早確診外（這類細菌培養的時間都非常長，甚至幾週），也能從其transcriptome來判斷其抗藥性。

但目前來說，相對於傳統的 qt-PCR assay，使用RNAsequence在傳統的實驗中會有很大的分佈統計上的問題！