BioC2016: Where Software and Biology Connect 會議系列二

系列一

Bioconductor第二天開始的會議,就變成白天已scientific talk為主,而下午則是workshop的方式,scientific talk又會分成科學演講(主要由教授來分享)和社群的演講(偏向目前新開發之package使用分享)。

一開始由柏克萊大學Sandrine Dudoit生物統計教授分享主題為Identification of Novel Cell Types in the Brain using Single-Cell Transcriptome sequencing,其本身研究發展許多可用來標準化RNAseq的方法

再來則是史丹佛大學的Susan Holmes(其個人網站有許多之前talk的資料)分享題目為Muticomponent data inegration for the Human Microbiome,其本身研究使用無母數的分析像是SVD、bootstrap、MCMC來探討生物現象所產出的資料,最近也有研究如愛滋病病患使用藥物後其microbiome的改變。

Jenny Bryan(他個人頁面有許多學習資源鏈結)教授則是分享其開發的googlespreadsheet package 其串連goolge doc API去讓使用者可以輕鬆地將google spreadsheet輸入到R中來做進一步的處理。Michael Love給了一個有Bioconductor Workflows Following Fast, Lightweight RNA Transcript Quantifiers的talk,他本身與哈佛生統教授Rafael Irizareay在edx開了一系列biostatistic的課。發展slidify的Ramnath Vaidya則在講新的Html widget。

下午的workshop則教了許多其他的packages像是UC riverside的教授Thomas Girke來發表其所撰寫的systemPipeR,是一款可以直接在R中使用的pipeline工具(雖然部分功能有待加強),而華盛頓大學的James MacDonald則很仔細地探討各種目前常用R database其中qeury等細節的論輪(expressionSet,TxDb,OrgDb…..)

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