reactome資料庫的簡介

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Reactome是免費的注釋(curated)人類生物體內分子路徑(pathway)和反應(reaction)資料庫,其最棒的特點是有很棒的使用者介面和API,其本身也有R的package REACTOMEPA 可以導入R做分析。
反應reaction
– 定義所有在分子層面的事件,包括分子間的結合、磷酸化、酵素催化、自發性的分子運輸等。可以是單獨的蛋白質或是化學小分子。
路徑pathway
– 路徑是一系列連結起來的反應reaction,像是免疫系統的訊息傳遞、細胞生命週期調控、自噬作用等
資料庫的注釋方式(curation)
– reactome裡面的注釋專注在品質和重要性,都是由有經驗的生物學家經過同儕獨立審核過才納入的,且都註明出處的文獻。
廣泛的討論一下何謂生物路徑(biological pathway)
– 生物路徑是一系列有順序的分子事件,在事件中可能產生新的分子或是改變細胞的狀態、細胞移動或是賀爾蒙的訊號傳遞。可以大致把生物路徑分為代謝相關(metabolism)、基因表現相關(gene expression)、基因調控相關(gene regulation)、信號傳遞(signal transduction)
Reactome可以用來做什麼?
  • 快速瞭解某一個pathway相關的資訊
  • 基本的pathway enrichment analysis
Reactome不適合用來做什麼?
  • 看蛋白質的交互作用(protein-protein interaction)

 

 

 

基本上,使用reactome分析需要一個大螢幕screenshot.png

Reatome的互動式分析設計蠻不錯的,說明清楚

使用reactome做pathway over representation分析的時候,直接把gene list放進去輸入就可以

screenshot.png

左邊可以發現其支援很多種輸入模式,所以可以直接挑選自己想要的,他也可以支持時間序列的輸入方式

輸出的欄位主要有以下四個重要的指標可以看:
1. Curated found
2. Curated total
3. pValue
4. FDR

然後這些資料都可以用csv檔案的格式下載

 

參考討論串:

BioStar: Best Way To Do Pathway Analysis Of A Set Of Genes?

Question:Comparing Pathways Between Two Different Cancer Cell Lines

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