這邊簡單介紹一下，使用Reactome來做基因表現資料的分析！這篇則有比較概括的介紹Reactome。

1. 第一步從首頁進去，點擊the Analyze Data button

   

2. 接下來會進入提交分析資料頁面，本身Reactome支持多種輸入格式，可以直接把資料貼近去，或是點上傳扭 （基本上，右邊有範例可以點選，所以不太清楚，自己要提交的資料要以什麼格式，可以點選右邊的範例）
   
3. 提交後，下一步則看是否主要想對應人類，以及搜索iterator作為background
4. 計算完後，便可以開始來看結果。

瀏覽計算分析結果：

1. 以20筆資料為一組顯示，基本會有下面的欄位：pathway name, Entities found, Entities total, Entities ratio, Entities pvalue, Entities FDR, Reaction found, Reactions Total, Reactions ratio。

關鍵：

送交分析時候，雖然Reactome有提供多種identifiers的轉換方式，但準確度最高的方式是以UniProt accessions, ChEBI IDs, EnsEMBL IDS為主。

在identifiers未被便是出來的，會輸出成一欄，可以下載下來，有可能代表此路徑還沒有被注釋過，或是要特別轉換成UniProt, ChEBI, EnsEMBL的identifiers。

閱讀參考

Jupe, S., Fabregat, A., & Hermjakob, H. (2015). Expression data analysis with Reactome. Current Protocols in Bioinformatics / Editoral Board, Andreas D. Baxevanis … [et Al.], 49, 8.20.1-9. http://doi.org/10.1002/0471250953.bi0820s49