使用Reactome做基因表現資料分析

這邊簡單介紹一下,使用Reactome來做基因表現資料的分析!這篇則有比較概括的介紹Reactome。

  1. 第一步從首頁進去,點擊the Analyze Data button

    screenshot.png

  2. 接下來會進入提交分析資料頁面,本身Reactome支持多種輸入格式,可以直接把資料貼近去,或是點上傳扭 (基本上,右邊有範例可以點選,所以不太清楚,自己要提交的資料要以什麼格式,可以點選右邊的範例)
    screenshot.png
  3. 提交後,下一步則看是否主要想對應人類,以及搜索iterator作為background
  4. 計算完後,便可以開始來看結果。

 

瀏覽計算分析結果:

  1. 以20筆資料為一組顯示,基本會有下面的欄位:pathway name, Entities found, Entities total, Entities ratio, Entities pvalue, Entities FDR, Reaction found, Reactions Total, Reactions ratio。

 

關鍵:

送交分析時候,雖然Reactome有提供多種identifiers的轉換方式,但準確度最高的方式是以UniProt accessions, ChEBI IDs, EnsEMBL IDS為主。

在identifiers未被便是出來的,會輸出成一欄,可以下載下來,有可能代表此路徑還沒有被注釋過,或是要特別轉換成UniProt, ChEBI, EnsEMBL的identifiers。

 

 

 

 

 

 

閱讀參考

Jupe, S., Fabregat, A., & Hermjakob, H. (2015). Expression data analysis with Reactome. Current Protocols in Bioinformatics / Editoral Board, Andreas D. Baxevanis … [et Al.], 49, 8.20.1-9. http://doi.org/10.1002/0471250953.bi0820s49

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