近幾年來在R語言界越來越講究所謂的reproducible of analysis，當生物醫學的資料分析越來越複雜，牽涉的團隊越來越多的時候，讓分析的過程和文件能容易分享開始引起大家注意，所以緊接者如pandoc, knitr, rmarkdown等等讓人直接將分析代碼和註解文字寫在一起，甚至後面更進階的shiny，都有想要達成讓分析流程可以更容易分享，且讓不懂代碼的人也能接近，反過來，寫書算是一個最大型的書寫成果，要是裡頭含有代碼和運算（這年頭生物資訊的書不可能純生物，幾乎夾雜者數學公式、運算和軟體包）那這本書就會有點難處理，所以knitr的作者Yihui Xie，開發了這個bookdown，以Rmarkdown為撰寫主體，並且整合htmlwidge, shiny app, citation reference等，可以滿足之前單用latex無法做到的書寫體驗。最後使用bookdown寫完後，可以輸出成html, pdf, epub等格式，還可以上傳到bookdown.org網站上面，最棒的是跟RStudio能整合在一起，基本上創造了新的書寫模式。

有在用Rmardown的人在使用bookdown的話，上手會非常快，而且作者也有寫一本書bookdown: Authoring Books and Technical Documents with R Markdown，把如何使用bookdown用的方式很清楚的解釋和教學。

想要快速地開始，可以直接下載bookdown的template來修改：
1. 中文版型
2. 英文版型