bookdown: 用R寫書的好工具

近幾年來在R語言界越來越講究所謂的reproducible of analysis,當生物醫學的資料分析越來越複雜,牽涉的團隊越來越多的時候,讓分析的過程和文件能容易分享開始引起大家注意,所以緊接者如pandoc, knitr, rmarkdown等等讓人直接將分析代碼和註解文字寫在一起,甚至後面更進階的shiny,都有想要達成讓分析流程可以更容易分享,且讓不懂代碼的人也能接近,反過來,寫書算是一個最大型的書寫成果,要是裡頭含有代碼和運算(這年頭生物資訊的書不可能純生物,幾乎夾雜者數學公式、運算和軟體包)那這本書就會有點難處理,所以knitr的作者Yihui Xie,開發了這個bookdown,以Rmarkdown為撰寫主體,並且整合htmlwidge, shiny app, citation reference等,可以滿足之前單用latex無法做到的書寫體驗。最後使用bookdown寫完後,可以輸出成html, pdf, epub等格式,還可以上傳到bookdown.org網站上面,最棒的是跟RStudio能整合在一起,基本上創造了新的書寫模式。

有在用Rmardown的人在使用bookdown的話,上手會非常快,而且作者也有寫一本書bookdown: Authoring Books and Technical Documents with R Markdown,把如何使用bookdown用的方式很清楚的解釋和教學。

想要快速地開始,可以直接下載bookdown的template來修改:
1. 中文版型
2. 英文版型

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