Gene Transcription Regulation Database(GTRD):轉錄因子調控資料庫

在今年2017的NAR資料庫特輯中,GTRD資料庫整理人類和老鼠ChiP-seq資料並且彙整相關轉錄因子調控,使用四種負責處理ChiP-seq的peak caller程式,分別是MACS, SISSRs, GEM, PICS,並且將這些程式分析出的peak做clustering後,去掉重複的資訊。screenshot.png

目前使用起來不是很順手,每個要查看的轉錄因子都要一個個調整來看,有點不方便,似乎是使用biouml作為架構的,所以整體操作上頗有侷限性,當要查詢多個轉錄因子時會很麻煩,不過算是一個可以當作備用的轉錄因子調控資料庫,且是相對較新的,裡面用來估計peak左右可能影響的基因數量主要跟據來自於HOCOMOCO資料庫的資訊,這資料庫是同一個研究團隊在2013年的發表。screenshot.png

 

他本身可以直接下載它們整理好的interval檔案,資料欄位整理的很乾淨,並且提供那四種peak caller程式分析的資料可以挑選,或是最終其整合的版本。

screenshot.png

 

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