深入染色體組型視覺化調研(一)(karyotype visualization/ideogram)

染色體組型圖表(karyotype/cytogenetics)是基因體學研究早期在還沒有定序技術前很重要的“視覺化”工具,用來判斷染色體層面的異常,裡頭的圖表標記方式和細節都具頗多遺傳學背景知識,其衍生出的karyotype plot是很好用來簡介基因資料的媒介,這些搜集相關的閱讀資料,已利用來當作發展原生前端視覺化工具。

UCSC Genome Browser band data

Genome Decoration Tools:NIH提供karyotype SVG資料

NIH Genetics Home Reference

使用R發展的視覺化封包
karyotypeR
ggbio

使用js發展的視覺化工具
Snap.svg.js
pileup.js
使用d3.js發展的視覺化工具
ideogram.js

js相關動態框架
anime.js
velocity.js

karyotype tool
karyotypeSVG
BiodallianceBiodalliance

StackOverflow討論串:
Question: How to get karyotype information for a certain section of genome.

Question: Drawing Chromosome Ideograms With Data

Tutorial: Creating chromosome karyotype plot with R and ggplot2

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