文獻閱讀:Interpretation of biological experiments changes with evolution of the Gene Ontology and its annotation

Aurelie Tomczak, .ed .(2018).Interpretation of biological experiments changes with evolution of the Gene Ontology and its annotations. Scientific Reportsvolume 8, Article number: 5115

這篇文章談論的重點是使用基因功能資料(基因本體/Gene Ontolgoy)來分析基因群,可能因註釋版本不同會造成分析結果的變化

論點不新奇,但是論文的分析過程所使用的觀念可以學起來,作為一種基因富集分析的“品質確認”,用來知道自己的實驗結果,在此分析下找到顯著的基因功能,是否有偏差。(這部分的觀念應該還沒有,該如何做生資分析的quality control?)

從此篇論文可以學習的觀念有:
1. 如何做一致性分析(consistency calculation),使用Jaccard Index。
2. 利用資訊熵分數(Information Content score)來評估一個基因本體的字元(term)其使用頻率和資訊有鑑別度的比率。

此篇論文中所包含的實用知識有:
1. 目前Gene Ontology裡面註釋字彙(annotation term)的消長
2. 在Gene Onotology中有被註釋到和沒被註釋到的基因比例變化

這篇論文使用MetaSignature的104個基因集作為分析的基礎來探討這些基因集拿來做基因富集分析,在不同版本的Gene Ontology下所造成的結果差異。

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此篇論文起手式來分析其不同版本GO註釋資料的差異,從2004到2015年,單一基因被註釋的比例,完全沒有被註釋到的基因數百分比從66.6%到35%,另外,被研究比較多的基因,的確其增加的GO term注釋是提供更多更精準之資訊。

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這張圖則是顯示了不同所謂顯著的GO term隨者不同版本,其顯著性的變化,可以看到很多矛盾地坡谷,也就是在特定區段,某些GO term是有顯著的,但經過這段時間又不顯著了

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最後這組圖,則是很有趣的來顯現注視版本造成分析一致性改變的顯示方法。

另外,此篇文章有講到一個案例

Berry et al. concluded that there is “an interferon-inducible
neutrophil-driven blood transcriptional signature in human tuberculosis,” where differentially expressed genes
were identified to be interferon-related. The authors proposed a set of these genes as diagnostic markers. However,
in subsequent years, it became clear that these genes, and interferon-stimulated genes in general, are not specific
or sensitive to tuberculosis. Therefore, changes in the Gene Ontology and its annotations might affect the interpretation
of experimental results。

Berry, M. P. R. et al. An interferon-inducible neutrophil-driven blood transcriptional signature in human tuberculosis. Nature 466,
973–977 (2010).

這案例頗有趣的,告訴我們在Nature刊登的文章,其結論也不是永遠正確的,所以要不斷地檢視新出現的證據。

基本Gene Ontology觀念文章:
1. 科學網李澤部落格 Gene Ontolgoy (一)/ (二)
2.豆瓣:什麼是Gene Ontology?

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