Cytoscape是一款開源免費的網絡視覺化和分析工具，專注在處理生物分子、蛋白質交互網絡，對於生物資料庫的整合頗佳，且其最有名的就是許多插件可以安裝，近年來在3.0版（2013）之後，Cytoscape軟件整個架構大改版，更模組化，且具有Restful API，對於一個從2001便開始的專案，真的是很努力在進步。

    在3.0版本之後，Cytoscape的核心開發團隊，並行了Cytoscape.js的專案，讓Cytoscape裡面視覺化的模塊可以有更多的影響力，而不侷限在生醫領域。

    這專案主要由著重的工作流有四個：Cytoscape Main(Core network analysks), Functional enrichment analysis, Network analysis of Proteomics data, Pathway analysis of gene expression data，且整個軟體的開發時程和想法非常公開透明，可以直接在網站頁面看到。核心的Cytoscape提供基本的資料整合、視覺化，更進階的功能他使用App的方式作為套件使用，而任何人都可以基於Cytoscape open API，用Java來撰寫這些App，許多生物資訊的論文便是將方法開發為Cytoscape App作為最後的應用。

      針對Cytoscape入門的書籍資料不多，最大宗的就是官方網站的資訊，另外，還有一本算蠻入門，但基本Cytoscape使用上的精髓都講的書可以用來參考：
Gang, Su.(2013)Instant Cytoscape Complex Network Analysis How-to. PackPub

    整本書雖然截圖是以2.x版本的介面做展示，但每章節最後都會有可以連結到3.0相關資訊的網址，所以在瞭解上不會有太大的障礙，而書中主要是介紹Cytoscape核心功能為主。

    另外，關於學習Cytoscape使用方法，其實可以看一些他核心開發者Keiichiro Ono在LinkIn上的簡報，裡面有蠻多作為網絡視覺化分析工具開發者重視的點，和最近他蠻支持的做法，這邊其中三個我看完蠻受用的資料，分別是增進網絡分析重複性和更有效率的方法，以及基本建網絡的觀念。

下面是收集一些Cytoscape使用分享的網路文章，有興趣也可以看，但基本上覺得邊看Gang, Su.(2013)Instant Cytoscape Complex Network Analysis How-to. PackPub 上手比較快，尤其是已經稍微理解一些網絡資料格式，搭配Keiichiro Ono的簡報，這兩個看完功力就差不多惹！

由貼文時間排序：
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一步一步，如魔鬼的步伐–教你製作簡單的network圖
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使用Cytoscape分析和可视化网络(1)
2010
R与Cytoscape配合在生物网络研究中的应用