染色體組型圖表(karyotype/cytogenetics)是基因體學研究早期在還沒有定序技術前很重要的“視覺化”工具,用來判斷染色體層面的異常,裡頭的圖表標記方式和細節都具頗多遺傳學背景知識,其衍生出的karyotype plot是很好用來簡介基因資料的媒介,這些搜集相關的閱讀資料,已利用來當作發展原生前端視覺化工具。
Genome Decoration Tools:NIH提供karyotype SVG資料
使用R發展的視覺化封包
karyotypeR
ggbio
使用js發展的視覺化工具
Snap.svg.js
pileup.js
使用d3.js發展的視覺化工具
ideogram.js
js相關動態框架
anime.js
velocity.js
karyotype tool
karyotypeSVG
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StackOverflow討論串:
Question: How to get karyotype information for a certain section of genome.
Question: Drawing Chromosome Ideograms With Data
Tutorial: Creating chromosome karyotype plot with R and ggplot2