月份: 八月 2022

開源工具和知識是目前推動生技進步的一個核心基石，看到前陣子在Pillar VC網站上有一篇分享開源計算生物學工具的網頁，來搬磚紀錄一下，不過也能看到工具聚焦在特定幾個使用場景上。

基礎程式語言

• Python: 可用的開發環境(Jupyter Notebooks/Jupyter Lab, Google Collab Notebooks)
  • Numpy, pandas, Matplotlib, Seaborn：Python系統裡面資料處理和視覺化工具
  • scikit-learn
• R:可用的開發環境(RStudio, Rsudio Cloud)
  • tidyverse：R系統裡面資料分析之工具
  • keras：深度學習工具
• Bash

蛋白質模型

• EV Couplings
• EVE
• AlphaFold
• Rosetta Fold

基因編輯之工具CRISPR

• CRISPResso2
• Dual CRISPR Screen Analysis Quick-Start Guide

單細胞定序

• scanpy
• seurat
• scVAE
• kallisto
• bustools

基因資料處理

• bedtools
• samtools
• Anvio
• BLAST
• GATK
• STAR

計算化學

• OpenMM
• Amber
• DeepChem
• TorchDrug

通用型生物資訊

• Biopython
• Bioconductor
• Snakemake
• drc
• GrowthCurver

閱讀參考：

Han Spinner, Open Source Tools for Computational Biology, Pillar VC