月份: 三月 2016

使用ggplot2: stat_function 簡化函數畫圖

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在R裡面有很多可以用來畫函數的方法，像是curve就是一個簡單懶人函式，其實ggplot2裡頭有一個超好用的函式，不需要像一般ggplot2必須輸入一個data.frame的data.set，只要把想要畫圖的function定義好即可。這邊有documentation的連結。

ggplot()+stat_function( aes(x=0:2), fun = 自訂函式,  args = list())

aes內的x設定要帶入函數的範圍，也是圖x軸的邊界，fun後面則放入想要畫圖的函式，args裡面可以把原本function中其他的參數指定好，這樣就可以開始畫圖了，下面用簡單的例子展現一下他的方便！

 

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寫出漂亮的R程式碼

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就像文章會有固定的寫法，程式語言也是，練習寫得簡潔易讀，是需要多加練習的，可以參考Hadley Wicham在Advance R裡寫關於寫作style的建議，另一個則是google 的 R style rule。整體來說是很簡單的。

分成以下幾類來改善R code 的撰寫：

  • 檔案名稱
    • 將檔案名稱以底線連接，且最好檔名要讓人一眼知道裡面是什麼
      • 好的命名
        • predict_ad_revenue.R
      • 壞的命名
        • foo.R
  • 變數(identifiers)的名字
    • 可以分成兩種，函數的名稱或是其他一般的變數名稱
      • 一般變數：盡量不要用底線連接，而是用逗點來連接
        • 好的命名
          • variable.name
        • 壞的命名
          • variable_name
      • 函數名稱:加入大寫，不要用逗點或是底線
        • 好的命名
          • CalculateAvgClicks
        • 壞的命名
          • calculate_avg_clicks
  • 每行的長度
    • 不要超過80個字碼
  • 縮進（indentation）
    • 不要混用tab和space，最好的方式是使用 2 spaces
  • 空白格（spacing）
    • 在所有運算符號前面加上一個空白格如（=+<-..etc.）

Ensembl API（二）：安裝 API

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假如不害怕英文的話，這邊有很詳細的官方安裝簡介還有影片。

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Ensembl資料主要是用MySQL所搭建的關聯資料庫，而Ensembl API則是寫好的各種Perl package來讀取裡頭儲存之資料，在上一篇有介紹過，Ensembl資料庫有三大主要資料庫：Core、Compara和Variation，每個資料庫都有不同的API需要安裝，當然，Ensembl團隊有準備好可以直接全部API安裝的方式，這邊的API不只是單純可以用來Query Ensembl資料庫，也可以用來搭建自己資料庫使用Ensembl的Schema來管理和運作，這部分又更進階了些。

 

舉例如何安裝Ensembl API

  • 下載他們的壓縮檔

           mkdir src
           cd src
           wget  ftp://ftp.ensembl.org/pub/ensembl-api.tar.gz
           wget  http://bioperl.org/DIST/BioPerl-1.6.1.tar.gz

  • 解壓縮

            tar zvxf ftp://ftp.ensembl.org/pub/ensembl-api.tar.gz 
            tar zvxf  http://bioperl.org/DIST/BioPerl-1.6.1.tar.gz

  • 重設環境變數 
    PERL5LIB=${PERL5LIB}:${HOME}/src/bioperl-1.6.1
PERL5LIB=${PERL5LIB}:${HOME}/src/ensembl/modules
PERL5LIB=${PERL5LIB}:${HOME}/src/ensembl-compara/modules
PERL5LIB=${PERL5LIB}:${HOME}/src/ensembl-variation/modules
PERL5LIB=${PERL5LIB}:${HOME}/src/ensembl-funcgen/modules
export PERL5LIB

另外一種安裝方式，可以使用git來安裝，這種方式比較scalable，是可以來練習一下！