論文閱讀:多層網絡(multilayer networks)(一）

在做生物網絡分析遇到問題，其中一個是當牽涉到的基因數量一多和參與的節點種類大於一種，很難用簡單的網絡(simple network)來理解，如何有效地把生物網絡更好地去分析，目前感覺採用multilater network的架構，也許是一個可以執得嘗試的方向，這部分的理論架構根據所查的文獻，還是片蠻新的領域，通常物理學、數學、社會科學領域的論文在討論這塊，這邊找到一篇專門在談multilayer network的文章，來閱讀一番。

Mikko Kivelä Alex Arenas Marc Barthelemy James P. Gleeson Yamir Moreno Mason A. Porter. Multilayer networks. Journal of Complex Networks, Volume 2, Issue 3, 1 September 2014, Pages 203–271

這篇文章提出一套架構，來整理目前討論複雜網絡(complex network)的說法：

網絡種類 Aligned Disj Eq.Size Diag L coup Cat |L| d
Multilayer network ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓
Multivariate network ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓
Multiplex network ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓
Multirelational network ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓
Multidimensional network ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓
Multislice network ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓
Hypernetwork ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓
Multiweighted graph ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓
Interconnected networks ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓
Network of networks ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓
Meta-matrix/meta-network ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ ✓

 

對「論文閱讀:多層網絡(multilayer networks)(一）」的一則回應

  1. 引用通告： 搭建多層式網絡視覺化(visualization of the multilayer network)模型: 使用three.js, d3.js , Lodash 和observable(ㄧ) – 我們的基因體時代 Our "Gene"ration

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