使用zapier將evernote筆記自動發布到wordpress部落格上

目前應用程式玲琅滿目,此時有一個方便的方式串連起來兩個應用程式,可以省去許多時間,比如我常用evernote來收集資料,有時候是直接在evernote上整理部落格文章需要的資料和圖片,因為相對於evernote編寫環境穩定,wordpress 網頁版操作感亟待提升,也不好管理的文章,此時就需要在evernote上編寫文章,然後發布到wordpress上的自動化流程。

Zapier就能很好的提供這個需求,跟IFTTT功能類似(用起來比IFTTT順暢許多),裡面有各式各樣串連兩個應用程式的自動化服務,非常棒!

 

裡面的串接邏輯很簡單, A應用程式做了一件事後(Action),會觸發B應用程式,所以在我evernote的使用場景中,當我在特定筆記本儲存篇新的筆記,便會把這篇evernote,轉貼到wordpress上,而zapier可以提供我去調整evernote文章上的資訊,如何貼到wordpress上,評律大概15分鐘一次。

螢幕快照 2018-01-09 下午5.24.57

研究科學家背景:Winston Hide

最近在整理堆積如山的待閱讀論文,其中看到這邊撰寫於2010年的文章Gene-Expression Ontologies and Tag-Based Expression Profiling,通訊作者是Winston Hide教授,主要是探討CAGE資料的分析方式,因之前項目需求,稍微知道目前FANTOM計畫中,主要使用的技術便是根基於CAGE而來,因而產生興趣。

winstonhide

Winston Hide教授是學分子生物學出身,目前是計算生物學教授,參與英國的The 100,000 Genomes Project,本身有個部落格Element of Impact,最後一次更新是在2015年,他的學經歷非常豐富,也跑去在美國矽谷的超級電腦公司MasPar(已倒)工作過,學術經歷則橫跨美國、南非(在南非時參與pan-african genomic project)再到英國University of Sheffield任職神經科學轉譯醫學研究部門的負責人。

他的研究方式通常都會從調控的角度著手,使用整合性分析的方式(偏生物資訊手法),也會開發生物資訊的工具如CAGExploreR。

E. Dimont, O. Hofmann, S. J. Ho Sui, A. R. R. Forrest, H. Kawaji, the FANTOM Consortium, and W. Hide, “CAGExploreR: an R package for the analysis and visualization of promoter dynamics across multiple experiments.” Bioinformatics, Mar. 2014.

這篇的軟體已經沒有在維護惹,在Oxford雜誌上面的圖也看不太到,有點可惜!

FANTOM Consortium and the RIKEN PMI and CLST (DGT), “A promoter-level mammalian expression atlas.,” Nature, vol. 507, no. 7493, pp. 462–470, Mar. 2014.
K. L. Kathrein, A. Barton, Z. Gitlin, Y.-H. Huang, T. P. Ward, O. Hofmann, A. DiBiase, A. Song, W. Hide, Y. Zhou, and L. I. Zon, “A network of epigenetic regulators guides developmental haematopoiesis in vivo.,” Nature Cell Biology, vol. 15, no. 12, pp. 1516–1525, Dec. 2013.

假如對於基因調控機制的研究有興趣,那麼一定要關注FANTOM計畫相關的論文

C. J. Sandberg, G. Altschuler, J. Jeong, K. K. Strømme, B. Stangeland, W. Murrell, U.-H. Grasmo-Wendler, O. Myklebost, E. Helseth, E. O. Vik-Mo, W. Hide, and I. A. Langmoen, “Comparison of glioma stem cells to neural stem cells from the adult human brain identifies dysregulated Wnt- signaling and a fingerprint associated with clinical outcome,” Exp Cell Res, vol. 319, no. 14, pp. 2230–2243, Aug. 2013.

G. M. Altschuler, O. Hofmann, I. Kalatskaya, S. J. Ho Sui, A. V. Krivtsov, S. A. Armstrong, L. Stein, and W. A. Hide, “Pathprinting: An integrative approach to understand the functional basis of disease.” Genome Medicine, vol. 5, no. 7, p. 68, Jul. 2013.
pathprinting分析架構圖
很經典的手法,他把GSEA的觀念放入pathway分析中,將一個個pathway作為單位來看有無顯著,蠻有創意的方法,期待後續的發展。

N. Tiffin, E. Adie, F. Turner, H. G. Brunner, M. A. van Driel, M. Oti, N. Lopez-Bigas, C. Ouzounis, C. Perez-Iratxeta, M. A. Andrade-Navarro, A. Adeyemo, M. E. Patti, C. A. M. Semple, and W. Hide, “Computational disease gene identification: a concert of methods prioritizes type 2 diabetes and obesity candidate genes.” Nucleic Acids Res, vol. 34, no. 10, pp. 3067–3081, 2006.

使用purrr package學functional programming的觀念(六):vector transformation

在使用purrr的時候,會把要計算或是處理的資料以list或是vector的型式導入,通常都會是較複雜的nested資料結構,此時為了方便ETL,需要在pipeline中去調整資料結構,此時就會用到purrr這類vector transformation的函數,主要有七大類:

函數名稱 功能
accumulate, accumulate_right accumulate recursive folds across a list
cross, cross2, cross3, cross_df produce all combinations of list elements
flatten, flatten_lgl,flatten_int,flatten_dbl, flatten_chr, flatten_dfr, flatten_dfc Flatten a list of lists into a simple vector
list_modify, list_update modify a list
reduce, reduce_right, reduce2, reduce2_right reduce a list to a single value by iteratively applying a binary function
splice splice objects and lists of objects into a list
transpose transpose a list

這七大類中,在做資料ETL時,flatten系列、reduce系列、list_modift系列(這次整理時才發現新增的,應該會很好用)、splice和transpose的使用率會比較高,在做一些統計運算時,cross系列和accumulate系列則會幫助頗多!

論文閱讀:多層網絡(multilayer networks)(一)

在做生物網絡分析遇到問題,其中一個是當牽涉到的基因數量一多和參與的節點種類大於一種,很難用簡單的網絡(simple network)來理解,如何有效地把生物網絡更好地去分析,目前感覺採用multilater network的架構,也許是一個可以執得嘗試的方向,這部分的理論架構根據所查的文獻,還是片蠻新的領域,通常物理學、數學、社會科學領域的論文在討論這塊,這邊找到一篇專門在談multilayer network的文章,來閱讀一番。

Mikko Kivelä Alex Arenas Marc Barthelemy James P. Gleeson Yamir Moreno Mason A. Porter. Multilayer networks. Journal of Complex Networks, Volume 2, Issue 3, 1 September 2014, Pages 203–271

這篇文章提出一套架構,來整理目前討論複雜網絡(complex network)的說法:

網絡種類 Aligned Disj Eq.Size Diag L coup Cat |L| d
Multilayer network
Multivariate network
Multiplex network
Multirelational network
Multidimensional network
Multislice network
Hypernetwork
Multiweighted graph
Interconnected networks
Network of networks
Meta-matrix/meta-network

 

將subfolder作為github pages site

用github pages的服務可以很輕便地將自己的html/css/js運行起來,不避自己搞定server site的架構,但所用的框架中,index.html不一定就在專案資料夾的最外層,此時就可以使用git subtree push的方式將subfolder推倒branch中作為github pages sites。

git subtree push --prefix build origin gh-pages

參考閱讀:
Github pages
Deploying a subfolder to GitHub Pages
Deploy a subfolder as a GitHub pages site

2017年小總結

時間咻咻地飛,一年過去惹,2017年過的也是起起伏伏,充滿許多的挑戰和困難!

今年因在DNArails的實習機會,多接觸和處理了許多藥物基因體和臨床試驗的資料庫,也認識一群很努力打拼的朋友,而研究所的專題則經歷了所謂“一個月計算量的挑戰”,深刻地體驗各種叢集電腦HPC運行任務時的坑、優化計算的方法(多線程、多進程),在碩班研究題目收尾了一套多組學的network analysis,同時,參加資料英雄2017年,一群夥伴設計了一套高風險家庭的量化系統,成功地投稿到useR2017,年尾,碩論投稿老闆的基因體與遺傳學會幸運地得了獎,過程當然許多風波,希望明年能繼續成長!