月份: 四月 2016

The New Reddit Journal of Science

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screenshot.pngReddit網站是美國鄉民重要聚集地，從2005年創立至今，裡面有各種最道地的話題包含娛樂、社交媒體、各式各樣，而reddit裡頭會有各個不同的subreddit，裡頭討論者不同的主題，而有一種形式的subreddit是非常熱門的，讓名人直接開版，讓鄉民問問題，分別是IAmA 或是 AMA （ask me anything）series，連歐巴馬總統也有開版回答中鄉民的問題，是其中有一系列有趣的專欄是專屬於科學宅的，那便是The New Reddit Journal of Science裡的AMA series。

在這個系列中，論壇會邀請各個生醫領域“大老級”的人物直接在論壇中跟鄉民們互動，比如前陣子有Francis Collins（NIH Director, Human Genome Project director），The Cancer Genome Altas (TCGA) director Jean Claude Zenklusen 等等，在這邊獲得的資訊非常的多樣，且在論壇的右邊也會公告資訊說接下來哪個時段會有什麼科學家來駐版：

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所以有遇到自己喜愛的科學家，在特定的時間便能提出問題，即時地互動，且有的section會先票選問題，讓好的問題在那段時間內能被科學家回答，畢竟茫茫鄉民，不一定總是問好問題！

如何組織每次的分析專案檔案

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每一次的資料分析，都會產生大量各式檔案，有原始資料、前處理過的、分析的程式碼，所以多花點心思在每個步驟都稍微整理回顧一下，長久來說會減少很多“災難”，讓自己能有reproducible research skill. （其實就算是wet實驗也都是如此，只是dry的分析，幾乎都在電腦上，所以好的習慣變得很重要）。

論壇上其實有不少人也有這樣的問題，故整理一些不錯的文章，雖然每一個人的做法些許不同，但重點是要建立自己一套流程。

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第一個重點是以project為單位來整理，不要用時間或是分散式的，所有跟某一次實驗或是分析相關的就用一組架構，架構裡最主要就分三類：資料、分析結果、分析程式碼，也是根據這三類來分，另外，可以用subproject來往下。而可以多多利用command line的技巧來減緩創建資料夾的麻煩（使用wild card），而在README文件要有良好的documentation，且可以用純文字撰寫，但可以用markdown的風格撰寫，可以在使用工具轉換成pdf、doc，使用像是pandoc的工具。

主要多花時間整理自己電腦裡的資料，整體分析的工作流程會進步更快，雖然一開始在資料量少的時候會比較煩！之後再分享用git來做版本控制！

Cancer Moonshot 2020

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這或許是今年癌症相關領域最值得關注的計畫之一，在2016一月由醫師企業家Patrick Soon-Shiong所推動，今年4/4號其也被命名為美國副總統Biden所帶領之National Cancer Moonshot Initiative的Blue-Ribbon Panel(藍絲帶隊伍，有皇家顧問的感覺)。

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其計畫有六大主題想要推動：

  • validation of Big Science
  • Access to novel agents and approved drugs
  • FDA regulation
  • Care coordination and real-time monitoring of safety and outcome
  • Ability to measure outcomes and cost in realtime
  • Network infrastructure

相對於National Cancer Moonshot Initiative計畫，由Patirck Soon-Shiong所帶領的Cancer Moonshot 2020專注在immunotherapy治療癌症，要建立一個國家級的infrastructure扭轉傳統的醫療照護，從治療方法、醫療數據的量測儲存分析、治療給付的制度這三大方向去整合。

治療方法上，藉由調節身體的免疫系統，發展出cancer vaccine的方式來治療目前的癌症，其重要的計畫叫QUILT(Quantitative Integrative Lifelong Trial)，藉由監測病人身體的免疫系統（dendritic cell, T cell 和 natural killer cell）對於各式各樣治療的反應（使用NGS,RNAseq和Proteomics）來建立整套治療背後的科學驗證。

醫療數據的處理上，Cancer Moonshot 2020 project的pipeline會將病人的genome sequencing、RNAseq、Proteomics和vital sign資訊記錄下來，這牽涉下巨量的數據，所以需要建構好的數據傳輸和儲存，而Patrick也打造了這樣全國的網絡。

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在治療給付上，因為有良好的病人realtime數據監測，所以後續的給付上就能根據outcome的追縱設計更合理的給付，所以整體來說這moonshots計畫會扭轉現今美國癌症治療的方式！

後記：在2017/2月著名醫療新聞STAT開始報導一系列針對Patrick Soon-Shiong的新聞，大致都是負面的，可以作為評估一些“風潮”的case來省思
He vowed to cure cancer. But this billionaire’s moonshot is falling far short of the hype