Ensembl資料主要是用MySQL所搭建的關聯資料庫,而Ensembl API則是寫好的各種Perl package來讀取裡頭儲存之資料,在上一篇有介紹過,Ensembl資料庫有三大主要資料庫:Core、Compara和Variation,每個資料庫都有不同的API需要安裝,當然,Ensembl團隊有準備好可以直接全部API安裝的方式,這邊的API不只是單純可以用來Query Ensembl資料庫,也可以用來搭建自己資料庫使用Ensembl的Schema來管理和運作,這部分又更進階了些。
舉例如何安裝Ensembl API
- 下載他們的壓縮檔
mkdir src
cd src
wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/ensembl-api.tar.gz
wget http://bioperl.org/DIST/BioPerl-1.6.1.tar.gz
- 解壓縮
tar zvxf ftp://ftp.ensembl.org/pub/ensembl-api.tar.gz
tar zvxf http://bioperl.org/DIST/BioPerl-1.6.1.tar.gz
- 重設環境變數
PERL5LIB=${PERL5LIB}:${HOME}/src/bioperl-1.6.1 PERL5LIB=${PERL5LIB}:${HOME}/src/ensembl/modules PERL5LIB=${PERL5LIB}:${HOME}/src/ensembl-compara/modules PERL5LIB=${PERL5LIB}:${HOME}/src/ensembl-variation/modules PERL5LIB=${PERL5LIB}:${HOME}/src/ensembl-funcgen/modules export PERL5LIB
另外一種安裝方式,可以使用git來安裝,這種方式比較scalable,是可以來練習一下!