2020美國癌症研究協會演講: Informatics Technologies for Cancer Research

這個演講系列由聖路易斯華盛頓大學的Obi L. Griffith教授做主席來規劃,有四個子演講組成,線上演講的連結在此。腫瘤研究者該如何面對巨量高通量的定序資料呢?本演講主要在談論有甚麼資訊處理工具可以用來幫助臨床上對於這些資料的管理、分析、視覺化和判讀,另外,也會介紹一些基本的觀念、標準、指引。最後,也會分享在臨床判讀腫瘤圖片和腫瘤影像在生物標誌發展的方式。除了Obi Griffith教授,還有約翰霍普金斯的計算機學家Rachel Karchin哈佛大學放射學教授Andrey Fedorov華盛頓聖路易斯大學Daniel Marcus

將定序資料導入臨床腫瘤科使用,最大的障礙就是如何去解讀變異,或是去判斷哪個變異是有臨床意義的,到現在這始終是個"百萬美元"的問題,下面這張圖便是來自於Griffith教授在2014年的文章:Organizing knowledge to enable personalization of medicine in cancer,裡面談論到他覺得可能的解法,便是建立一個開源群眾註解和判讀的知識庫。

Good BM, Ainscough BJ, McMichael JF, Su AI, Griffith OL. Organizing knowledge to enable personalization of medicine in cancer. Genome Biol. 2014;15(8):438. Published 2014 Aug 27. doi:10.1186/s13059-014-0438-7

Standardized and genome-wide clinical interpretation of complex genotypes for cancer precision medicine

第一個演講便是Obi L. Griffith教授介紹其發展的線上資料庫CIViC,也算是他2014年提出的概念的實踐版本,一個可以用來做腫瘤變異判讀的知識庫,其終極目地為用來做腫瘤精準治療所使用,其代碼開源且提供API串接,且期望建立一套良好的註解規則讓不同層級的人可以為其做貢獻。

CIViC is a community knowledgebase for expert crowdsourcing the clinical interpretation of variants in cancer. 2017. Nature Genetics

Informatics tools for high-throughput analysis of cancer mutations

第二個部分是由約翰霍普金斯的計算機學家Rachel Karchin發展的工具Open CRAVAT,相對於前一部分想要使用專家和社群的方式來解決基因變異註解的問題,這個工具相對於CIVIC,比較著重在串接各種資料庫和用計算生物學的方法給予變異一些排序和解釋。

Integrated Informatics Analysis of Cancer-Related Variants. 2020. JCO Clin Cancer Inform

這個系列也分享了一些目前基因資訊處理和共享的指引,主要是由美國醫學遺傳學暨基因體學學會(ACMG)提到的

Standards and Guidelines for the Interpretation of Sequence Variants: A Joint Consensus Recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. 2015

Standards and Guidelines for the Interpretation and Reporting of Sequence Variants in Cancer. 2017

Standard operating procedure for curation and clinical interpretation of variants in cancer. 2019

The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. 2016

科學寫作:Writing in the Science (一)

這一系列主要有鑒於最近發現我的寫作能力實在是有很多提升空間,所以想再鍛鍊寫作肌肉,這系列主要來自於Coursera: Writing in the Science 的上課心得和筆記。

起手式當然是重新加強一下觀念,重溫一些原則,如何往一個更好的寫手邁進:

  • 閱讀、刻意去關注文章是如何寫的、並且模仿看看
  • 每日或是定期的寫作
  • 請拋棄堆砌文字的壞習慣
  • 先談談(找好朋友喝咖啡的意思)你做的研究,再下手來撰寫
  • 不要等待靈感再來寫作
  • 接受寫作對於任何人來說都是很困難的
  • 不段重寫,沒有人第一次就能寫好,大多數人留太少時間再重寫,都想一次到位

聽完這些,就一定要列一下自己目前看過很會寫作的作者,當作觀摩目標,下面這些是我自己回億起來,閱讀他們的文字很令人愉悅和開心,有點會上癮的那種滋味!

  • John M.Chamber
  • Hadley Wickham
  • Jales J. Berman
  • Stephan Wolfram
  • Uri Alon
  • Bernhard Palsson
  • Leroy Hood
  • Bradley Efron
  • Trevor Hastie
  • Tim O’Reily

收集幾本跟寫作相關的好書:

這邊有幾個範例,來體會一下如何把字句更加地讓人易理解,下面是一個節錄自The Journal of Clinical Oncology的開頭:

Adoptive cell transfer (ACT) immunotherapy is based on the ex vivo selection of tumor-reactive lymphocytes, and their activation and numerical expression before reinfusion to the autologous tumor-bearing host

仔細思考上面這個段落,會發現一個學術論文很喜愛的模式,過度使用“名詞”(clunky nouns),假如要讓字串更簡單俐落,就必須要減少這類使用,以“動詞”主導論述。

These findings imply that the rates of ascorbate radical production and its recycling via dehydroascorbate reductase to replenish the ascorbate pool are equivalent at the lower irradiance, but not equivalent at higher irradiance with the rate of ascorbate radical production exceeding its recycling back to ascorbate"

修改過後如下,整體的可讀性增加,更容易理解且順暢。

These findings imply that, at low irradiation, ascorbate radicals are produced and recycled at the same rate, but at high irradiation, they are produced faster than they can be recycled back to ascorbate

如何寫的簡白(Effective Writing)的三個要點

  • 減少不必要且意義模糊的用字原則(Cut the clutter)
  • 主動語氣
  • 使用洽當的動詞

盡可能減少多餘的字,你永遠都會驚訝於能使用更少的字來表達同樣的道理

範例一

This paper provides a review of the basic tenets of cancer biology study design, using as examples studies that illustrate the methodologic challenges or that demonstrate successful solutions to the difficulties inherent in biology result.

This paper provides a review of the basic tenets of cancer biology study design, using as examples studies that illustrate the methodologic challenges or that demonstrate successful solutions to the difficulties inherent in biology result. [高手改]

範例二

As it is well known, increased athletic activity has been related to a profile of lower cardiovascular risk, lower blood pressure levels, and improved muscular and cardio-respiratory performance

Increased athletic activity is known to lower cardiovascular risk and pressure levels, and improved muscular and cardio-respiratory performance[土炮練習]

Increased athletic activity is associated with lower cardiovascular risk, lower blood pressure, and improved fitness. [高手改的]

範例三

The experimental demonstration is the first of its kind and is a proof of principle for the concept of laser driven particle acceleration in a structure loaded vacuum

The experiments demonstrate the proof of concept that laser-driven particle can accelerate in the structure loaded vacuum. [土炮練習]

The experiment provides the first of principle of laser-driven particle acceleration in a structure-loaded vacuum.[高手改]

範例四

Brain injury incidence shows two peak periods in almost all reports: rates are the highest in young people and the elderly

Brain injury incidence peaks in young and the elderly [高手改]

更開放、多元的科學自造時代

如何創造一個願意探索、分享和動手實作的社群,是一個很有意義也充滿挑戰的事情,而這樣的社群在未來對於孕育新的人才和技術是不可或缺的,如今很多有趣的進展和技術都是藉由不同領域的人互相切磋討論而展開的。如中研院物理所江宏仁老師創辦的科學Make臉書群組,是台灣很有活力的一個科研社群,以顯微鏡觀察為主,從開發手機顯微鏡的套件,搭配群眾捐款的方式,算是可自給自足的生態圈,在其中感受到江老師對其之後的發展有一定的想像,非常期待。而單就討論生物科技相關議題的社群,如The Investigator Taiwan,也聚集一群熱愛科學的朋友。

跨越學術的藩籬,興趣驅動的群體

這時代對於領域的劃分越來越薄弱,只要你對於某件事情有興趣,一定的耕耘下其實都有機會能參與其中,免費的學習資源和世界各地的同好分享非常豐沛,其實只要能上網,對英文閱讀的能力尚可,基本上都能取得相關想了解的資訊,除此之外,社會環境的改變,普遍更好的社經條件也讓部分人有多餘的心力可以投入在滿足自己的好奇心之活動,很多科學儀器和實驗的門檻不段降低,不論是花費和其中的操作細節都能較以前用較少成本取得。

圖片來自Science雜誌的文章 Community science: Not just a hobby

在2019年8月刊登在科學雜誌的文章:社區科學-不只是興趣,裡面提到以麻省理工學院多媒體實驗室主辦的Global Community Bio Summit ,描述這一個新興的趨勢,把以往只鎖在學術殿堂裡的生物技術、基因工程、合成生物學打開成全民可參與的一個舞台,麻省理工學院社群生命科學技術計畫的負責人David Kong描述這個希望能進一步打造全球生命科學熱愛者社群的努力,這個社群其實本身就是非常多樣性,其中有DIY Biologist、Community Biologist、Biohackers、Biomakers等等,每年一次的會議將這群人聚集一起互相分享,這邊是他們2019年的議程,可以由此一窺他們都在討論些甚麼。

David Kong在2017年在Nature Biotechnology發表了一篇Open-source, community-driven microfluidics with Metafluidics的文章,其創立了一個微流體設計分享平台Metafluidics,也描述了一個框架,在不同層次裡分享相關資訊以及已知的平台:

figure1
Figure 1 from Nature Biotechnology 35, 523 – 529(2017)

越來越多的跡象顯示這類創新的機會慢慢從純粹軟體、電機轉移到生物科技,這個以往認為一定要很大資本才能有所發揮的地方。隨著許多基本分子生物學研究需要的儀器都有開源版本後,這個門檻正在逐漸降低,比如OpenPCRPocketPCR,相信可見的將來會有更多的人尋者自己的好奇心,用更開放的心胸來探索這世界以及與其他人分享!

書籍閱讀:基因泰克-生物科技的起源(Genentech: The Beginnings of Biotech)

基因泰克:生物科技的起源(Genentech: The Beginnings of Biotech)

這本書發表於2012年,其內容在講基因泰克公司的故事,這間公司在生醫領域幾乎沒有人不知道,時至如今已經是行業裡的巨頭,很難想像他們在1976年左右是如何從零開始的。而這本書撰寫的就是從Robert A. Swanson和Herbert Boyer教授兩人公司到上市這段時間的胼手便足,閱讀的時候很難想像那時候的氛圍,從今天的角度會認為頂尖大學教授創辦生技公司很正面(在台灣可能還沒有那麼正面,往往都會從自肥的角度來看),但實際上在30幾年前對於科學家們還很難接受這件事。

主題分享:腦膜炎和腦炎的病原菌診斷新工具和未來方向(一)

這主題是幫林長檢驗科晨會所準備的資料,剛好科內要進新的診斷工具,順便瀏覽了相關資料,這部分主要是由王信堯醫師所提供指導的內容。

New Tool and Future possibility in Pathogen Identification of Meningitis and Encephalitis

中樞神經的感染性疾病中,腦膜炎(Meningitis)和腦炎(Encephalitis)算是最常見且可能致命的疾病,尤其病人往往會有意識和神經學的變化,這部分常常是臨床上的困難案例。

簡介

腦膜炎(Meningitis),是蜘蛛腦膜下腔(Subarachnoid space)發生感染或是發炎,可能由細菌、病毒、黴菌、寄生蟲、阿米巴原蟲、非感染性原因造成,其中細菌性感染是最常見的導因。病人通常伴隨者發燒、頸部疼痛和僵硬表現,可能合併其他神經學症狀,雖然可以由病人的年齡和危險因子來猜測可能導因,但絕對的診斷必須依靠腦脊髓液的檢驗,而傳統上會同時做脊髓液的體液分析和培養,另外假如腦脊髓液培養呈陰性的話,則診斷為無菌性腦膜炎(Aseptic Meningitis),通常有較好的預後。

腦炎(Encephalitis),指腦實質的發炎,可能由感染或是非感染造成,最常見的原因是病毒性感染,病人會伴隨者意識的改變,因其大腦的功能受到相關的影響。

臨床上在還沒有腦脊髓液培養結果的時候,通常可以用病人的危險因子來使用經驗性抗生素。

另外,除了腦脊隨液的培養外,腦脊隨液的分析則是可以提供腦脊隨液中是否有病原菌的資訊,這些資訊包含腦脊隨液的壓力、白血球量、葡萄糖、蛋白質。

目前依靠單純的腦脊隨液培養會有許多的限制,像是:

  • 腦脊隨液中的培養往往耗時,且敏感性沒有想像中高,尤其是在病人使用過抗生素後,更難從腦脊隨液中培養中病原菌。
  • 另外,像是腦脊隨液中的格蘭氏染色等等,但假如在腦脊髓液中的箘量不多時,這類方法就不容易驗出來

所以如今的趨勢開始找尋新的檢驗方式,漸漸傾向於採取分子檢驗的技術,直接去檢驗腦脊髓液中是否有各式各樣病原菌的核酸,也就是去檢測這些細菌、病毒、黴菌等DNA是否有出現在病人的腦脊髓液中。最近林口長庚即將開始提供新的檢驗技術,可以在更短的時間內提供第一線人員有關病人檢體內疑似病原體的東西。

The BioFire®FilmArray®

腦膜炎、腦炎套組

簡單來說,BioFire FilmArray是一個整合性的病原菌檢測套組,裡頭可以將檢體進行PCR、並且同時做多種病原菌的DNA/RNA的檢測,看是否特定病原箘的遺傳物質出現在檢體中。整組看起來像下面這樣:

The Biofire FilmArray Device Appearance

Poritz, Mark A., Anne J. Blaschke, Carrie L. Byington, Lindsay Meyers, Kody Nilsson, David E. Jones, Stephanie A. Thatcher, et al. 2011. “FilmArray, an Automated Nested Multiplex PCR System for Multi-Pathogen Detection: Development and Application to Respiratory Tract Infection.” PloS One 6 (10): e26047.

這篇文章有這個檢測產品的技術細節:

其藉由流道來讓檢體的檢驗流程整個自動化,且能同時看許多病原菌。

其實這技術已經很久了,就是Multiplex Nested PCR,只是如何整合成一個儀器,就是一門學問了,其中採用了流道的設計思維,將多個反應穿接在一起,但又能保有各自獨立的反應空間。


從原本的一天以上的檢驗時間,藉由這套工具,可以縮短知道結果的時間,且其操作簡單,只要將檢體上機就可以了,只花大概5分鐘以內的時間,相對於傳統微生物培養的操作流程非常多。相信這類型的設計在未來會越來越流行,幫助檢驗人員可以用更少的時間達成更多的事情。

BioFire ME在腦膜炎和腦炎的相關論文發表:

Messacar K, et al. Potential clinical impact of the filmarray meningitis encephalitis panel in children with suspected central nervous system infections. Diagn Microbiol Infect Dis. 2016 Sep;86(1):118-20.

書籍閱讀:簡談合成生物學(Synthetic Biology)

Synthetic Biology: A Very Short Introduction

又挑了一本牛津出版社A Very Short Introduction的書來閱讀,此本是針對合成生物學(Synthetic biology)的入門簡介,作者傑米.戴維斯(Jamie A. Davies)為愛丁堡大學實驗姐頗學教授,本身的研究專注在使用合成生物學工具來理解胚胎發育和組織工程的應用,其還有一本再談胚胎發育的科普書Life Unfolding

這本書的內容大致有以下的章節:

  • 合成生物學:從分析到創造
  • 合成生物學的核心
  • 於環境的應用
  • 於醫學的應用
  • 於工程上的應用
  • 於基礎醫學上的應用
  • 創造生命
  • 文化衝擊

對許多人來說,即使是身處生物醫學領域的人也不一定有聽過合成生物學,但這實際上是個非常重要的領域,書中以英國的角度來說,其前英國大學及科學國務大臣大衛威利茲(David Willetts)則說過,合成生物學是英國未來八大領域中重要的一環。

The Eight Great Technologies

這本書起頭談論了許多一兩百年前的科學家和實驗,回朔式地去整理可以歸結在合成生物學領域的研究,這邊的合成生物學其實是在談論探索科學的方式,最常見的方式是用觀察和分析的方式來理解生物,但另一種方式,如何創造或是合成來理解生命,則是歸結在合成生物學的領域之中。

生命能否單純用物理化學來解釋呢?這算是科學家們很好奇的一個問題,而從很早以前,就開始有許多科學家用各種實驗來探索生物世界底層的邏輯

  • 觀察分析 :一開始,最簡單的方式就是直接對這些生物世界做出觀察,所以在當實驗分析儀器還不那麼進步的時候,最多的實驗都是以觀察和收集資料為主,甚至如今大多數的生物醫學研究也是這類型的。
    • 1850 孟德爾(Mendel)的碗豆實驗 •
    • 1868 米歇爾(Friedrich Miescher)核酸分離實驗
    • 1953 華生(James Watson)與克拉克(Francis Crick)發現DNA結構
  • 合成創造 :另一種探索知識的方式便是主動去創造跟有興趣的目標相關的機制,如同工程領域的觀念,唯有你可以造出一個車子,才代表你對這部車子真的理解了,而直到分子生物學的許多技術發展出來,才真的慢慢開始能去改造甚至合成生物世界的一些蛋白質。
    • 1828 維勒(Friedrich Wohler)尿素合成實驗:
      在老早以前,總認為不能從無機物合成有機物質,直到這個尿素實驗,才慢慢推進這個想法。
    • 1912 史蒂芬(Stephane Leduce), La Bioloogie Synthetique
      這本書算是合成生物學這詞彙第一個出現的地方,整本書在用各式各樣的方式去模擬生物系統,主不過大都停留在外觀層面的樣貌。

近代的合成生物學

生物系統中,蛋白質作為核心功能的執行分子,可以藉由調控相關路徑中的蛋白質,來達到目標的效果。 而近代的合成生物學便是以此為基礎來達成各式各樣可以說是“充滿想像力”的事情。

比如可調控的基因開關

設計成振盪器的基因迴路

合成生物學在醫療的應用

柏克萊大學生醫工程教授Jay Keasling實驗室開發許多合成生物學相關的主題,其中一個是改造酵母菌的代謝路徑,使其能具有跟黃花嵩一樣將糖代謝成青蒿素的原料。

原本在蘇黎世聯邦理工學院的Christia Kemmer博士,其利用合成生物學的技術將大腸桿菌內設計出能根據環境尿酸濃度,做出回饋,表現出尿酸代謝酶的基因,並且在尿素濃度降低後,關閉基因,目前Christia Kemmer博士已在一家生技公司BioVersys AG開發新型態的治療藥物

演講摘要-中國YC陸奇:人工智能時代的創新創業浪潮

無意間在知乎上看到的演講,是YC中國陸奇在清華的演講,陸奇是微軟和雅虎前總裁,算是華人在矽谷科技業中頂到最高職位的理工人,前陣子被百度挖角回來,目前則是負責中國YC的業務,Y combinator是著名的矽谷創業加速器,從2005年開始,已經培養了4000多位創始人,像是Airbnb, Dropbox都是從這裡培養出來的。

整場演講的大綱

  • AI技術的核心與發展趨勢
  • AI時代的創新機會
  • AI時代的創業
  • AI時代的大學生:准備、探索、參與

第一部分:AI技術的核心和發展趨勢

在這邊提到一個關於感知觀察系統之於整個AI系統的重要性,這邊讓我想到當初對於基因科技的興奮,便是他將人類的遺傳疾病整個轉換成資料科學問題,所以說NGS的技術其實也可以說是一個感知系統,換句話說,實驗室醫學在未來會越來越重要,因為其扮演者將人體生理資訊轉換成資料的角色,當然,也要開始有能打造自己的儀器的能力。

第二部分 AI時代的創新機會

第三部分:AI時代的創業

第四部分:AI時代的大學生:准備、探索、參與

雖然是以大學生為對象,但其實對所有人都有幫助。有趣的一點是陸奇還強調了提升人與人的交互能力,其實就是社交能力。

書籍閱讀:原則 Principles: Life & Work

原則

這本書是由橋水集團創辦人Ray Dalio所寫,會知道Ray Dalio是因為之前看到youtube上面史丹佛商學院的大師訪談(View From The Top)中看了一場關於他的訪談集。這本書很扎實,字字都直得省思和實踐,佩服能以這態度去生活。

這本書分三大部分:介紹、Life Principles、Work Principles

第一部分主要是Ray Dalio介紹自己的生命歷程,直白且具有參考價值,呼應他自己關於radical transparant的原則。

第二部分 Life Principles

Life Principles
擁抱現實
1. Embrace Reality and Deal with it
1.1 Be a hyper-realist
1.2 Truth – accurate understanding of reality is the esential foundation for any good outcome.
1.3 Be radically open-minded and radically transparent.
1.4 Look to nature to learn how reality work
1.5 Evolving is life’s greatest accomplishment and its greatest reward
1.6 Understand nature’s practical lessons
1.7 Pain + Reflection = Progress
1.8 Weigh second- and third-order consequences.
1.9 Own your outcomes.
1.10 Look at the machine from the higher level.

2. Use the 5-step Process to Get What You Want Out of Life
2.1 Have clear goals.
2.2 Identify and don’t tolerate problems.
2.3 Diagnose problems to get at their root causes.
2.4 Design a plan.
2.5 Push through to completion.
2.6 Remember that weakness don’t matter if you find solutions.
2.7 Understand your own and other’s mental maps and humility.

  1. Be radically open-minded
    3.1 Recognize your two barriers
    3.2 Practice radical open-mindedness
    3.3 Appreciate the art of thoughtful disagreement
    3.4 Triangulate your view with believable people who are willing to disagree
    3.5 Recognize the signs of closed-mindedness and open-mindedness that you should watch out for
    3.6 Understand how you can become radically open-minded
  2. Understand that people are wired very differently
    4.1 Understand the power that comes from knowing how you and others are wired

4.2 Meaningful work and meaningful relationships aren’t just nice things we chose for ourselves – they are genetically programmed into us
4.3 Understand the great brain battles and how to control them to get what “you" want
4.4 Find out what you and others are like.
4.5 Getting the right people in the right roles in support of your goal is the key to succeeding at whatever you choose to accomplish

  1. Learn how to make decisions effectively
    5.1 Recognize that 1) the biggest threat to good decsion making is harmful emotions, and 2) decision making is a two-step process

5.2 Synthesize the situation the situation at hand
5.3 Synthesize the situation through time.
5.4 Navigate levels effectively
5.5 Logic, reason, and common sense are your best tools for synthesizing reality and understanding what to do about it
5.6 Make your decisions as expected value calculations
5.7 Prioritize by weighing the value of additional information against the cost of not deciding.
5.8 Simplify!
5.9 Use principles
5.10 Believability weight your decision making
5.11 Convert your principles into algorithms and have the computer make decisions alongside you
5.12 Be

Work Principles

待續

飢餓與長壽:科學家Valter Longo

二十年前研究長壽是一個很瘋狂的概念,如今卻有許多公司以此為目標,比如科學家Craig venter成立的Human Longevity公司,而這位科學家Valter Longo便是在二十年前就從酵母菌為工具,開始探索這個主題。如此,長壽或者老化隨者高齡化時代的來臨,逐漸變成一個重要議題,當然,相關的研究也開始被主流接受,仔細看Valter Longo的研究,算是非常的有意思。

Valter Longo教授,本身是義大利人,到美國求學,本來想成為音樂人,但陰錯陽差鑽入了生化領域,這篇訪談文章Interview with Professor Valter Longo,可以以覽他過去的走的路,其實從某一方面講,蠻特立獨行的,最令我有興趣的是,他還成立組織,販售一種FMD(Fasting Mimic Diet),藉由特殊的營養組成,來模仿身體飢餓的狀態,這算是我蠻欣賞的勇氣,用實際的行動來驗證自己過去的研究,雖然還有許多證據需要累積,但這算是讓人可以嘗試的一個路徑,研究本身除了滿足好奇心外,要是能應用到生活,是多棒的事情呀!當然,談論各種另類飲食療法的人相當多,但要能發表各種嚴謹研究來支持的人卻是少數。

致敬科學家Sydney Brenner

分子生物學家Syndey Brenner在2019年4月5號在新加坡過世,這位科學家在2002年獲得諾貝爾生醫獎,其以線蟲作為模式生物,在細胞凋亡和發育上的研究獲得肯定。

Photo from Nature, https://www.nature.com/articles/d41586-019-01097-7, Credit: Andrew Cutraro/Redux/eyevine

在閱讀這篇關於調控網絡的文獻(1),意外看到他的名字,發現了一篇在2008年訪問他的文章,刊登在Nature Review的Molecular Cell Biology上,訪談的內容有許多他個人對於現今研究的觀點和看法,頗具批判性的。

I prefer to see outstanding MDs go into the clinic and train to do research there.

…generating an effective bedside to bench approach is going to require major adjustments in medical education. We will need to introduce more basic science into the medical school curriculum

他過去的研究開啟了分子生物學很多知識的源頭,比如三個DNA代碼,對應一個氨基酸,或是RNA分子是如何讓核糖體製造出蛋白質的,以及發展使用線蟲作為模式生物,來進行研究的方法學。

他在劍橋大學時,跟DNA雙股螺旋結構的發現者Francis Crick在同一個研究室大約20年,能激發思考和討論的環境下,真的是件很幸福的事情。他們兩個在這段時光中奠定了許多分子生物學的機制基礎。

閱讀參考:

  1. Celine Lefebvre, G. R., Andrea Califano. (2012). Reverse-engineering human regulatory networks. Wiley Interdiscip Rev Syst Biol Med. doi:10.1002/wsbm.1159