月份: 四月 2018

好的研究方法要件
1. 提供為何選擇這些方法的原因
2. 讓讀者能複製你的研究

參考

Journal Article: Methods

簡介的部分它最重要的目的便是提供你的讀者一個背景知識，讓讀者能理解你這邊研究的內容。

Clarity is achieved by providing information in a predictable order.

這部分將介紹部分的撰寫係切成四個部分，分別是：General background, Specific background, Knowledge gap, Here we show。

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General Background.

Introduce the general area of science in which your project takes place, highlighting the status of our understanding of that system.

Specific Background.

Narrow down to the sub-area that your paper will be addressing, and again highlight the extent of our understanding in this sub-area.

Tip: Give your readers the technical details they need to understand the system –nothing more. Your purpose is not to showcase the breadth of your knowledge but instead to give readers all the tools they need to understand your results and their significance.

Knowledge Gap.

After discussing what we know, articulate what we do not know, specifically focusing on the question that has motivated your work. The prior two components should serve as a set-up for this question. That is, the question motivating your work should be a logical next step given what you’ve described in the general and specific background.

“Here we show…”

Very briefly summarize your methods and findings. Note that you may end this section with a sentence or two on the implications/novelty of your results, although this is not essential given that you will more thoroughly address these points in the discussion section.

好的論文討論要件
1. 將研究的結果用一兩句話呈現
2. 將研究到底如何貢獻在開頭所提出的問題
3. 解釋這個研究跟其他相關研究的關聯
4. 解釋這個研究的限制和哪些問題沒有回答
5. 解釋這邊文章的結果能如何用來延伸這個大問題

目的
論文討論這塊是最能展現你對於你的研究結果如何能貢獻在這個大問題的看塊，另一方面，簡介和討論是一組的，在簡介的地方你必須說明你在解決什麼樣的問題，而討論的部分則是說那你如何貢獻這個問題。（sure, but so what?）

參考

Journal Article: Discussion

好的研究結果之要件
1. 清楚註明資料和結論是從哪邊來的
2. 資料的呈現能符合邏輯順序
3. 論述的過程依據take-home message來搭建

目的：
1. 清楚地且客觀地描述你是如何取得研究結果或資料
2. 根據這些資料來提供所謂的take-home message

將臆測的部分放在討論的地方

技巧
1. 將結果有邏輯地整理成幾個區段
2. 每個結果區段都有rationale, data, and a transition（唯一臆測便是用來做這個用途的）
3. 只展現需要展現的資料
4. 注意風格

參考
Broad Institue CommKit: Journal Ariticle Result

Journal Article: Results

如何開始撰寫一篇論文呢？
有人會從摘要開始，有人從結論開始，也有人從緒論開始，其實怎麼撰寫都可以。

假如你不知道該從何處開始，其實可以建議從結論開始撰寫。Anecdotal evidence顯示大多數人其實發現從結果(result)開始寫會比較簡單。當結果寫完後，就可以作為一個羅盤來指引整篇論文的撰寫。

要考慮的事情？
1. 摘要(Abstract)：我要如何簡單明嘹地來說明我研究的重要性呢？
2. 介紹(Introduction)：什麼資料是讀者需要的，以歷來對於我的研究有所了解呢？
3. 討論(Discussion)：什麼新的insights或是問題是我可以帶給讀者的，當他知道這些結論呢？
4. 方法(Methods)：什麼方法是我用來取得結論的？

什麼是你這篇論文主要想傳遞的訊息或是所做的結論呢？
1. 將所有資料，依據實驗分類
2. 將所有實驗結果簡單寫下重要的結論
3. 討論這些結論之間的關聯，然後如何將其整理成有邏輯的順序
4. 將結果整理成大綱，並且思考，這樣的順序如何影響介紹(Introduction)，摘要的Punchline，在討論中要提出的問題？
5. 假如你沒有被說服，嘗試重新整理你的實驗順序，再跑一次這個流程

假如你依舊對於撰寫你的想法有困難：
你可以準備一份簡單的口頭報告，來跟朋友或是同事討論，這樣簡單的一個動作可以更容易釐清你的想法和研究的邏輯。
1. 跟熟悉你研究的同事討論，他們可以幫助你調整研究結果的順序是否合乎邏輯
2. 跟非熟悉你研究的朋友討論，他們可以幫助你清晰地描述你論文的重點

關於整理的小技巧
將資料整理成圖表
1. 紀錄實驗細節
2. 將實驗以時間序列整理
3. 將結果做成圖表

維持一個好的引用資料庫
1. 使用好的軟體
2. 維持所有方法的引用
3. 持續保持一份好的引用列表

持續尋找反饋，隨者你的資料有所更新
1. 給你的同事看你的圖表
2. 詢問是否有什麼進一步的實驗可以做

在寫作開始前
確認你要為什麼而寫，每個期刊都有寫作指引，可以依據此寫作指引製作“清單”

參考
General Tips: http://mitcommlab.mit.edu/broad/commkit/general-tips/

 

正在著手開發一套複雜組學資料的視覺化分析系統，將其產生的圖，用在論文中，同時，可以順便做一套生資系統，畢竟目前在處理組學分析資料，好的視覺工具不多，也因此碰觸了d3.js。

本來只用koa2+d3.js來做靜態的設計，但後來發現代碼越來越巨大，要產生的各種視覺模塊可能會更多，為了更好的解決這問題，也必須用相對應的框架和工具（雖然選擇的標準是要越簡單越好。）後來決定試試使用vue2為前端的框架。

雖然還不確定行不行得通，先收集相關的資訊來試試。

相關資料

– 整合koa+vue
全栈开发实战：用Vue2+Koa1开发完整的前后端项目（更新Koa2）

– 整合d3.js和vue2
Composing D3 Visualizations With Vue.js

整合範例Chrisv Fritz 方條圖

Vue.js で d3.jsを使う その2（svgのcircleの半径を動的に変更する）

• vue相關的工具
  webpack
  vue-cli

“扼殺在搖籃裡”這詞彙蠻有意思的，不知道是否是個厘語還是某個時期的流行用語！剛好閱讀完王煜全第178講 健康管理-將疾病扼殺在搖籃裡，跟最近看到由德巴克·喬普拉(Deepak Chopra, MD)的書：超級基因（Super Genes）、自癒(Healing Self)，和關注的新興醫療領域(整合醫療、生活習慣療法..)等串連再一起。

在王煜全全球科技250講中第178講中的這段話

不論是學術界、政府、社會，甚至個人都知道健康管理的重要性，但是健康管理作為一個產業，尤其是比起以治療為主的專科醫療、急重症醫療，在國內發展得並不快，產業規模也不大。

那這是為什麼呢？

其實是因為，洞察和順應人性的商業一班都會成為剛需，市場巨大，但是健康管理其實有點兒反人性的，是要和人性做鬥爭的產業。

所以醫院的治病救人是順應人性的，他是剛需，所以他也會收到比較高的經濟回報，而健康管理目前的市場還比較小。

上面王煜全的觀察結論很一針見血，醫學裡面談的通常都是致病後的治療，在惡性循環中，稍微矯正回正常狀態，放病人回家以後，病人依舊是照原本生活方式去過，想說只靠藥物來幫助，但事實上，生活上的調整是相當重要的，而健康的生活就是反人性，必須依靠紀律和意志力來維持的，畢竟大自然的規律就是讓亂度最大化。

也許所謂的健康管理是一個方向，代表隨者教育和經濟的進步，人們對於自我健康注重會增加，而有下面三大趨勢：

一是健美的身材、健康的飲食以及積極向上的精神狀態已經成為一種社會風尚，甚至可以代表社會地位。

二是越來越多的人喜歡通過社交媒體曬自己堅持運動、健康飲食的生活方式。

三是正念、冥想、瑜伽也成了新時尚。

如何提供工具給予願意或是想要維持健康的人能自我健康管理，相信會是未來很重要的商業領域。

 

Aurelie Tomczak, .ed .(2018).Interpretation of biological experiments changes with evolution of the Gene Ontology and its annotations. Scientific Reportsvolume 8, Article number: 5115

這篇文章談論的重點是使用基因功能資料（基因本體/Gene Ontolgoy）來分析基因群，可能因註釋版本不同會造成分析結果的變化。

論點不新奇，但是論文的分析過程所使用的觀念可以學起來，作為一種基因富集分析的“品質確認”，用來知道自己的實驗結果，在此分析下找到顯著的基因功能，是否有偏差。（這部分的觀念應該還沒有，該如何做生資分析的quality control?）

從此篇論文可以學習的觀念有：
1. 如何做一致性分析(consistency calculation)，使用Jaccard Index。
2. 利用資訊熵分數(Information Content score)來評估一個基因本體的字元(term)其使用頻率和資訊有鑑別度的比率。

此篇論文中所包含的實用知識有:
1. 目前Gene Ontology裡面註釋字彙(annotation term)的消長
2. 在Gene Onotology中有被註釋到和沒被註釋到的基因比例變化

這篇論文使用MetaSignature的104個基因集作為分析的基礎來探討這些基因集拿來做基因富集分析，在不同版本的Gene Ontology下所造成的結果差異。

此篇論文起手式來分析其不同版本GO註釋資料的差異，從2004到2015年，單一基因被註釋的比例，完全沒有被註釋到的基因數百分比從66.6%到35%，另外，被研究比較多的基因，的確其增加的GO term注釋是提供更多更精準之資訊。

這張圖則是顯示了不同所謂顯著的GO term隨者不同版本，其顯著性的變化，可以看到很多矛盾地坡谷，也就是在特定區段，某些GO term是有顯著的，但經過這段時間又不顯著了。

最後這組圖，則是很有趣的來顯現注視版本造成分析一致性改變的顯示方法。

另外，此篇文章有講到一個案例

Berry et al. concluded that there is “an interferon-inducible
neutrophil-driven blood transcriptional signature in human tuberculosis,” where differentially expressed genes
were identified to be interferon-related. The authors proposed a set of these genes as diagnostic markers. However,
in subsequent years, it became clear that these genes, and interferon-stimulated genes in general, are not specific
or sensitive to tuberculosis. Therefore, changes in the Gene Ontology and its annotations might affect the interpretation
of experimental results。

Berry, M. P. R. et al. An interferon-inducible neutrophil-driven blood transcriptional signature in human tuberculosis. Nature 466,
973–977 (2010).

這案例頗有趣的，告訴我們在Nature刊登的文章，其結論也不是永遠正確的，所以要不斷地檢視新出現的證據。

基本Gene Ontology觀念文章：
1. 科學網李澤部落格 Gene Ontolgoy (一）/ (二）
2.豆瓣：什麼是Gene Ontology?