整理一下R包中做網絡視覺化（network visualization）的工具包

igraph

簡介
有十年開發歷史的network graph包，其發展成熟，很多後來開發的工具包
開發者：Gábor Csárdi, Tamás Nepusz

GGally

簡介
為ggplot2的延伸套件，其中的函數ggnet2專門可以用來畫network
開發者：Barret Schloerke

network3d

簡介
是D3 javascript的network graph R套件，也支持igraph的資料結構，他可以將圖形輸出至rmarkdown, shiny或是網頁的形式。
開發者：Christopher Gandrud, JJ Allaire, Kent Russell, & CJ Yetman

Rgraphviz

簡介
主要由bioconductor項目的負責人所開發的工具包，但主要語法承襲base繪圖語法，且視覺化的效果跟plot系列的調性一樣
開發者：Jeff Gentry, Robert Gentleman, Wolfgang Huber

diagrammR

簡介
這個工具的設計很有野心，整合多種常見的network創建語法，包括graphviz等，其整套語法建構得很完整，加上文檔講解清晰，算是目前network visualization系列的工具包中文檔最詳盡用心的。
開發者： Richard Iannone, Kent Russell , JJ Allaire, Michaël Benesty

network

簡介
使用network object來將關聯性資料轉換成graph型態
開發者：Carter Butts

ggnetwork

簡介
可以將network object直接用ggplot來繪圖
開發者：François Briatte

ggraph

簡介
是目前很完整地實現ggplot2語法來設計graph, network視覺化的工具包
開發者：Thomas Lin Pedersen

tidygraph

簡介
承襲ggraph，但著眼與如何用tidyverse的語法來處理graph/network data structure
開發者：Thomas Lin Pedersen

總結：

各種包的差異上，主要是在graphics、graph data manipulation、layout三大方面的差異，graphics效果上可以大致分成三大類，承襲base plot的效果、ggplot grammer和javascript功能三類，graph data manipulation上來說，diagrammR和ggraph在圖形資料結構的處理上都支持關聯性資料、matrix資料等模式，目前只對igraph, diagrammR這兩個包有比較深入的使用，在視覺化的效果上，後者的確優秀許多。

grid套件是由Paul Murrell所寫的，而目前知名的ggplot2便是奠基於grid的工作上，相對於ggplot2的設計，grid可以讓使用者從比較底層的方式去控制視覺化物件，且最新版的R已經屬於base package，所以一安裝Ｒ就會安裝好grid。

想要了解更深入grid背後的邏輯和設計可以看Paul Murrell所寫的書R Graphics，有提供免費的網頁版本可以閱讀。

grid架構視覺化圖形的邏輯主要有兩個：
1. 直接底層控制畫線、正方形、文字、圓形、點，使用x-y座標控制
2. 藉由控制視野變化來調整視覺化效果（Viewports）