Affymetrix microarray平台是源於1980末期由Stephen Fodor生化博士領導的團隊所開發出來的，主要是利用半導體製程結合化學技術來將DNA或是mRNA以維陣列地方式形成晶片，來進行一次性大量基因表現的量測。10年一片microarray晶片要快十萬塊台幣折合3000多美元，如今一片大約低於一萬元且一次檢測的數量更多，彰顯科技進步的速度有多快，如今次世代定序出來後，microarray的聲勢便如日暮西山般的感覺。

關於microarray最重要的概念就是probes、probesets，而probes就是用來結合特定mRNA，相對於其他的microarray，affymetrix microarray的probe為25-base long oligonucleotides，而一組probesets由11個能針對特定mRNA transcripts結合的probes。其中設計上最重要的問題就是probe對於single transcripts的特異性，衍伸出後面很多分析上要知道的預設。

Reference:Willem Talloen and Hinrich G√∂hlmann, Gene Expression Studies Using Affymetrix Microarrays,CRC 2009