BioC2016: Where Software and Biology Connect 會議系列一

Bioconductor 算是R語言中對於生物資訊最重要的一個project,目前演進成一個龐大的社群,裡面眾多的協力者發展出很多High-throughput genomic data analysis的工具。

Bioc2016:Where Software and Biology Connect 是今年此社群最重要的聚會之一,這次會議在6/25-26號,在美國史丹佛大學舉辦,會議以Bioconductor 裡的專案為主,談論關於高通量基因資料的分析技術和分析工具,每日的上半天議程以演講為主,下午則是實作議程。
第一天為開發者會議,而第二、三天則是主要的議程。
第一天的開發者會議議程的位置在史丹佛的Jame H.clark center,也是Bio-X Program的所在地,Bio-X program裡匯集結合phyisc、biology、computer science的研究,學生也可以申請其fellowship。
symposium
會議內容在連結中有,因為飛機是中午到達San Jose airport,所以只有參加到最後一場由23andme,Robert Gentlemen的talk,關於Distributed Content Generation and Creating Pipelines for Genomic Analysis,這場talk其實在講非常觀念的東西,這問題便是有什麼很好的方式呈現關於一個基因或是關於一段序列的資訊,且能持續update且easily for maintainance。首先,如何搭建一個很好的平台有效呈現genomic data的model,且可以良好的呈現其source difference,另外,如何讓開發團隊的effort可以最小化,也是關鍵之一。
晚上的時候參加由Héctor Corrada Bravo 教授領軍的團隊,用hackthon的方式來探討如何改進epiViz(epiViz主要是一款能視覺化genomic data 分析後的資料),能讓大家用interactive的方式來交流很多圖像化的資源,活動有披薩、啤酒且備有很多紙筆可讓參加者一起腦力激盪,最後再用5min的時間簡單的報告一下,最後討論出來有針對comment authority開放的問題,是否使用location-based的方式呈現資料、如何讓comment內的資料可以被有結構的mining、如何使用將這視覺化的功能用email就能有效的溝通。
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