g:profiler 是用來處理gene list後續功能分析的網頁工具，由愛沙尼亞的University of Tartu裡Institute of Computer Science, Bioinformatics, Algorithmics and Data Mining Group BIIT所維護的。在最新的更新中，其加入了轉錄因子結合位點的預測、Mendelian disease注釋、蛋白質表現等新的功能。

他最棒的地方是有很好的API支援，且2016改版過一次，這款軟件從2007年開發出來，所以維持的團隊有一定的經驗，此款軟件也有不錯的引用率，本身也有可搭配Cystoscape的操作方式，可以用R、python來調用他們的服務，另外，不想用他們開發的Python和R工具包來調用服務，他們有服務API，所以操作上可以非常個性化。

其網頁版本有六大功能（R package:gProfiler只含三個 ）：
1. g:GOSt
提供基本的GO enrichment analysis，可以分析自己上傳的gene list，且可同時做Gene Ontology term, reacton, KEGG等資料庫的檢索，輸出資料格式也支援Cytoscape，分析速度快速。喜歡他輸出的GO term有label上depth，這樣可方便後續一些比較仔細的分析。

2. g:Cocoa
提供同時多組gene list的enrichment analysis，並且輸出成方便比較的圖，非常好用。輸出如下圖：
其右邊把所有相比較的組別當作是column，而把每組中有顯著enrichment的term join在一起。

3. g:Convert
可以用來轉換Gene Id，如microarray 的 probeset也可，且比使用bioconductor中affymetrix出的注釋版本還仔細
4. g:Sorter
可以用來查找在ArrayExpress資料庫中跟特定基因表現相似的其他基因
5. g:Orth
用來查找orthologous gene
6. g:SNPense
從序列ontology來mapping 人類SNP

即使不用網頁介面，在R package下操作幾乎沒有什麼學習成本！

參考閱讀：