生物資訊入門書推薦:The Biostar Handbook (測序資料分析為主)

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這本書The Biostar Handbook最近總是在Biostar論壇裡看到他的廣告,其實作者stván Albert很早就開始預告這本書的寫作計畫了,整個書的landing page很早就出來了,但最近才開始賣這本書,身為資訊焦慮患者,就敗了一本來研究一下。

 

Stvan Albert本身為Pennsylvania State University 生物資訊教授, Biostars: Bioinformatics Questions and Answers(就是Biostar論壇)就是他在維護和管理的,另外,Galaxy platform是他其中一個參與的專案,所以算是教學經驗豐富,本身做了許多有趣的生資項目。

整本書算是很入門的測序資料分析分享,可以看到部分章節不太完整,開頭談了一點生物資訊的入門起手觀念,目前三大主流測序機器pacficbio/illumina/miniON,帶一點unix指令教學,分別介紹基本的alignment 資料結構、vcf的資料結構、常用的分析方式和網站(GO analysis/BLASK),基本上一個主題提三個例子,大多點到為主,Variant calling和RNAseq為兩大分析主題簡介,為起手的介紹。

整本書我個人喜歡的地方是他解說文章寫得很親民,不太會文鄒鄒的,且通常會附許多很經典的網路文章,來幫助他把一些“網友”的觀點原汁的加到他的書裡面(蠻好奇引用部落格文章的趨勢,會不會慢慢成主流),可以點選超連結,再進一步閱讀(買電子書的好處),所以買這本電子書,可以想成他幫你整理網路上很多經典文章的連結於其中,節省你上網大海撈針的時間,直接看這些經典文章,從如何做好專案資料整理到統計的p value該如何處理等,相對於很硬派的教科書,這本書應該是本“小書”,蠻適合作為定序資料分析的入門書。

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