想使用ubuntu:14.04基礎容器來做python程式prototype的工具，一方面，一些要使用的生資軟體只能在ubuntu環境下使用，另一方面，ubuntu:14.04算是很輕的小容器，希望讓最後的鏡像小一點。

這邊製作的容器主要是要使用bioawk和netMHC程式，所以dockerfile中會有安裝他的相關訊息。

這邊有幾個重點：

1. 安裝完所有jupyter需要的python library和ubuntu相關library
2. 在virtual environment中安裝jupyter
3. docker網路設置（port forwarding）
4. jupyter notebook網路設定（讓localhost以外的ip登入）

首先奉上dockerfile，裡面有所需的library

################################################################
# Dockerfile
# Version:          1
# Software:         BioAwk/Jupyter
# Software Version: 201703
# Description:      Basic image for Bioawk/Jupyter/Python3/plotly/numpy
# Provides:         autotools-dev|automake|cmake|curl|fuse|git|wget|zip|build-essential|pkg-config|python2.7|python-dev|python-pip|zlib1g-dev
#################################################################
# Source Image
FROM ubuntu:14.04

################## BEGIN INSTALLATION ######################

# apt update and install global requirements
RUN apt-get update     && \
    apt-get install -y software-properties-common && \
    apt-get install -y    \
        autotools-dev     \
        automake          \
        cmake             \
        curl              \
        fuse              \
        git               \
        wget              \
        zip               \
        build-essential   \
        gcc               \
        pkg-config        \
        csh               \
        tcsh              \
        byacc             \
        flex              \
        liblzma-dev       \
        lib1g-dev         \
        libblas-dev       \
        liblapack-dev     \
        gfortran          \
        libfreetype6-dev  \
        libpng-dev        \
        libjpeg8-dev
RUN apt-get install -y  python3\
                        python3-pip
                        python3-dev\
                        python3.4-venv
Copy /bioapps /bioapps
WORKDIR /bioapps/
ENV PATH /bioapps/netMHC-4.0:$PATH

WORKDIR /bioapps/bioawk-master
RUN make
ENV PATH /bioapps/bioawk-master:$PATH

CMD ["/bin/bash"]

# change workdir
WORKDIR /var/data
RUN chmod 777 /var/data
RUN python3 -m venv test
RUN . test/bin/activate && pip3 install --upgrade pip && pip3 install -vU setuptools && pip3 install jupyter
RUN . test/bin/activate && pip3 install numpy && pip3 install plotly
##################### INSTALLATION END #####################

# File Author / Maintainer
MAINTAINER weitinglin <weitinglin66@gmail.com>

裡面安裝的東西主要由python pip3相關的依賴、bioawk在make時的依賴。過程會創建一個
虛擬環境test，並且在裡面安裝jupyter,和會使用到的package。

接下來，在運行這個容器的時候，要把port口掛在出來。

docker run -p 8888:8888 -it netmhc:latest

接者，在執行jupyter的時候，要用下面的指定

jupyter notebook --allow-root --no-browser --ip="*"

進入安裝有jupyter的python virtual environment
source test/bin/activate

執行jupyter，因為在docker container中，會是root模式，所以使用allow-root，另外，因為不需要直接跳開視窗，所以使用no-browser，最後，一個關鍵動作 –ip="*"，讓所有外來ip都可以進入。過程中，有一些小技巧，比如pip3設定出現問題了，該怎麼刪掉再重新裝一次，可以使用apt-get purget python3-pip，然後再重新安裝一次。然後，會需要瞭解一下docker port forwarding的原理。

參考文章：
How to install pip with Python 3?
make bioawk錯誤，需安裝的檔案
安裝jupyter在ubuntu上面
ValueError “Expected version spec” when installing local wheel via pip
How to install pyzmq for iPython Notebook in a Python 3 virtual environment?
Networking features in Docker for Mac
From inside of a Docker container, how do I connect to the localhost of the machine?
Using localhost for to access running container
Jupyer notebook 安全性設定