Cytoscape這個開源工具做生物網絡視覺化的最好幫手，之前有稍微介紹一下，最近在2017/4月版本再度升級，從3.4.x邁進到3.5.x，新增像是ID轉換和網絡合併功能，對於我來說，最驚豔的是文檔的升級，記得當初看cytoscape原生文檔來學習的時候，有點小痛苦，且那時候只有2.0版本的，目前升級後的文檔寫得很流暢，且搭配更多的截圖，另外，最棒的就是新增四個使用Cytoscape app的章節，這部分可以讓功力大增，分別是下面四章：
1. WikiPathway
2. Extend Biological Process with regulatory interactions (WikiPathways-App, NetworkAnalyzer, PathExplorer, CyTargetLinker)
3. Simple clustering with clusterMaker2 （clusterMaker2 0.95）
4. Over-representation analysis with Cytoscape （ clusterMaker2 0.95, setsApp 2.1.0, BiNGO 3.0.3, and ClueGO 2.2.5.）