關於fastq的Illumina sequence identifiers(instrutment type information)

在複雜的RNAseq甚至最近的single cell sequencing,在fastq上所顯示的資訊越來越複雜,且很多統計上的方法其實也會使用到這些資訊,所以多少要理解一下而要理解這些資訊就需要知道測序晶片上面的一些命名,雖然不同型號的有所差異,但概念差不多,可以由下圖體會一下感覺

screenshot.png

下面則可以看相關fastq上面每個reads上都會有的編碼,和相關意思的對照

screenshot.pngIllumina sequence identifiers

閱讀參考:
Question: illumina instrument type from fastq?
https://www.biostars.org/p/198143/

FASTQ format
https://en.wikipedia.org/wiki/FASTQ_format

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