一不小心又隔了四個月了，前陣子九月特休的時間，參與iThome鐵人賽的連續30天發文，真的是蠻硬核的，也強迫閱讀了一些之前比較少碰的部分，順便複習一下許久沒碰的東西，希望陸續把這三十篇文章的內容再更系統性整理一下，先把目錄移過來這。
- 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Overview
- 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day01- 超越摩爾定律的資料增長
- 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day02- 機器學習在生物資訊中之應用
- 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day03- 基因醫學的數據問題
- 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day04- 深度學習在基因體學的建模架構01
- 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day05- 深度學習在基因體學的建模架構02
- 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day06- 蛋白質結構和機器學習01
- 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day07- 蛋白質結構和機器學習02:AlphaFold2 和 RoseTTAFold
- 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day08-合成生物學與機器學習
- 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day09-合成生物學與機器學習
- 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day10-基因療法中之腺病毒載體與機器學習
- 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day11-基因療法中之腺病毒載體與機器學習
- 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day12-基因療法中之腺病毒載體與機器學習
- 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day13- 最基本的生物資訊資料格式Fasta
- 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day14- 第二代定序(次世代定序)和它的資料格式
- 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day15- 組裝後的序列檔案格式SAM, BAM
- 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day16- 視覺瀏覽定序檔案格式SAM, BAM的工具
- 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day17-分析定序檔案格式SAM, BAM的工具
- 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day18-基因變異的檔案格式VCF
- 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day19-分析和處理基因變異的檔案格式VCF的工具
- 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day20-註釋基因資訊的BED檔案格式和bedtools
- 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day21- 基因註釋資料在Bioconductor中物件：IRanges和GenomicRanges
- 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day22- 基因註釋資料在Bioconductor中的物件：AnnotatioDBI
- 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day23- 基因註釋資料在Bioconductor中視覺化之呈現:Gviz
- 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day24- 使用tidyverse觀念來分析基因資料:plyranges
- 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day25- 再深一點：AnnotationHub，從註釋到序列
- 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day26-取用基因序列資訊
- 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day27-進階人工智慧在分子生物學之應用
- 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day28-COVID大數據:資料哪裡來
- 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day29-大數據追蹤COVID病毒之演進
- 我們的基因體時代-AI, Data和生物資訊 Day30-以終為始
相關之學習參考：
Resources
- AnVIL: NIGRI Analysis Visualization and Informatics Lab-space
- MIT Computational Systems Biology: Deep Learning in the Life Science
- Applied Computational Genomics Course at UU: Spring 2021
- PH525x series-Biomedical Data Science
Books - The Biostar Handbook 2nd, 2021
- Modern Statistics for Modern Biology, 2021
- Genomics in the Cloud, 2020
- Computing Skills for Biologist: A toolbox, 2019
- Computer Age Statistical Inference: Algorithms, Evidence, and Data Science, 2016
- The Biostar Handbook: Bioinformatics Data Analysis Guide, 2016
- Bioinformatics Data Skills, 2015
- Muhammad A. Alam (2019), “ECE 695E: An Introduction to Data Analysis, Design of Experiment, and Machine Learning," https://nanohub.org/resources/28817.
Talks
- National Human Genome Research Institute: Machine Learning in Genomics: Tools, Resources, Clinical Applications and Ethics
- Bioinformatics DotCa：Machine Learning workshop May 25 – 26 2021, Youtube list
- MIT Computational Systems Biology: Deep Learning in the Life Science
*nanoHUB
Course - Hacking COVID-19 – Course 1: Identifying a Deadly Pathogen
- Hacking COVID-19 – COurse 2: Decoding SARS-CoV-2’s Secrets
- Access Bioinformatics Databases with Biopython
- 3D SARS-CoV-19 Protein Visualization With Biopython
- SARS-CoV-2 Protein Modeling and Drug Docking
我們的基因體時代 Our "Gene"ration 
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