重灌更新Pop!_OS:miniconda, R, Rstudio

最近因為專案的關係,不得不重新安裝一些新的R和命令行軟體包,終於拖到不能再拖的Pop!_OS(20.0 => 22.04)更新就要發生了,往好的一面想,每次重新灌系統都是一個斷捨離的重新開始,同時仔細思考自己工作實際需要的東西,這邊把過程的坑稍微紀錄一下,最主要是System76筆電假如有做硬體加密和外掛硬碟的話,使用Disk Live更新會有點狀況,另外,裝好的Pop!_OS系統,在安裝Rstudio時會發生一些狀況,因為新版的Pop!_OS所安裝的openssl、libssl是較新版本的,而新版本的Rstudio還會需要調用較舊版本的,因此會造成安裝失敗,openssl、libssl都是底層OS系統用來通訊的工具,Rstudio在安裝一些軟體時候,就會掉用這些工具來向外通訊,單獨下載openssl和libssl來安裝時,會造成這類軟體會被隔離(sandbox模式),所以當Rstudio安裝時候,內建也會開啟sandbox模式,所以一打開會畫面全無,必須要讓其關掉no-sandbox,這塊可能等Rstudio之後的版本會解決,看來過一陣子也是要在陣痛一次。

  • 備份
  • 準備Pop!_OS安裝USB
  • 用Pop!_OS原生的應用程式安裝基本款軟體
  • 用命令行安裝R和Miniconda
  • 補完Rstudio安裝檔deb所需的軟體包
  • 安裝Rstudio的deb檔
  • 設定命令行和桌面開啟流程,不以sandbox模式開啟

Linux筆電:System76和他們發行的Pop!_OS

Linux筆電商

Linux系統是生物資訊或是開源軟體的天堂重鎮,很多分析軟體都原生於Linux系統,Linux系統本質上已經是三十年歷史發展的操作系統,從其中開枝落葉的發行版本非常多,另外,其實Linux系統原生的筆電並沒有那麼多,目前大概是Windows和Mac兩大體系為主,Mac操作系統本質上跟Linux是相合的,同屬Unix的後代,所以在命令行環境下的指令大多是共通,但Mac硬體的價錢實在是有點貴,所以兩年前多開始搜尋性價比比較可以接受的硬體,後來變發現System76,一個專做Linux硬體設備商,大概可以用1/3價格取得跟MAC同等規格的筆電,且客製化程度蠻高的,送到台灣是沒有問題的。

Pop!_OS的隨身碟重灌: Disk Live 搭配ISO

整個流程比想像中順利,從下載網頁挑選想要的iso版本後,可以直接使用Pop!_OS的Disk工具,他蠻方便的,可以直接將你剛下載好的iso燒到USB裡面,記得確保你的USB檔案已經備份,大小大概3Gb多,還原好後就可以重新開機來利用USB開機。

假如使用System76的話,重新開機後,可以按ESc,就可以進入特殊的選單來進行安裝。

從Pop!_Shop安裝:Tilix, Visual Code Studio, Obsidian

安裝好後,本身Pop!_OS就有一些蠻好用的工具,比如他本身就有一些原生GUI的應用程式商店可以用來安裝下載一些常用開源軟體,比如Tilix、Visual Code Studio和Obsidian,都在Pop!_OS應用程式商店中可以點選安裝。

安裝Miniconda管理NGS相關的命令行工具

本質上來說,Pop!_OS是源自Ubuntu的版本,所以有些底層工具是共通的,比如你可以使用apt-get install來安裝工具,比如vim之類的,另外,許多生物資訊工具目前都會使用Anaconda系統來做封包管理,而比較喜歡輕版本的話,則可以安裝Miniconda版本,方式也很單純,直接針對適合的Python版本來下載,下載後,直接:

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

接者便可以開始設定bioconda的頻道,這樣就可以直接用conda來下載跟生物資訊相關的命令行工具

conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge

像是samtools、bwa、minimap2、seqkit、fastqc、bedtools、vcftools、gatk等等都可以使用conda來管理,非常方便。

設定R和Rstudio

在設定R和Rstudio就比較麻煩一點,後來發現Rstudio底層運行的一些程式庫,在最新版的Pop!_OS中,無法調用,就變成要手動的安裝。

sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base
sudo apt-get install gdebi-core

這樣就完成R程式的安裝,順便安裝gdebi,一個可以用來deb安裝的軟體,接者便是從Rstudio官網來下載你要的版本,我下載完後,基本上就會有一個檔案:rstudio-2022.02.0-443-amd64.deb,可以使用

sudo apt install -f ./rstudio-2022.02.0-443-amd64.deb

安裝開始後,便發生錯誤,他發現無法抓取到libssl1.0.2, libssl1.1的軟體,後來發現必須要手動下載


Reading package lists... Done<br>Building dependency tree... Done<br>Reading state information... Done<br>Note, selecting 'rstudio' instead of './rstudio-2022.02.0-443-amd64.deb'<br>Some packages could not be installed. This may mean that you have<br>requested an impossible situation or if you are using the unstable<br>distribution that some required packages have not yet been created<br>or been moved out of Incoming.<br>The following information may help to resolve the situation:<

The following packages have unmet dependencies:<br> rstudio : Depends: libssl1.0.0 but it is not installable or<br>                    libssl1.0.2 but it is not installable or<br>                    libssl1.1 but it is not installable<br>E: Unable to correct problems, you have held broken packages.

所以先直接到debia的官訪軟體庫,便能直接下載,主要是參考下面這篇來解決這類問題。Ubuntu的下載網址為http://security.ubuntu.com/ubuntu/pool/main/o/openssl1.0/https://packages.debian.org/stretch/amd64/libssl1.0.2/download

下載後,先安裝,安裝後就可以成功的來建置rstudio的軟體。打開後,還發生Rstudio的畫面呈現空白,後來發現必須要使用特殊參數,像是

rstudio --no-sandbox # solve problem
##change: .bashrc
##add "export RSTUDIO_CHROMIUM_ARGUMENTS="--no-sandbox"

##change: /usr/share/applications/rstudio.destop
##==>
#Exec=/usr/lib/rstudio/bin/rstudio %F
##Exec=bash -c "/usr/lib/rstudio/bin/rstudio %f --no-sandbox"

發表迴響

在下方填入你的資料或按右方圖示以社群網站登入:

WordPress.com 標誌

您的留言將使用 WordPress.com 帳號。 登出 /  變更 )

Twitter picture

您的留言將使用 Twitter 帳號。 登出 /  變更 )

Facebook照片

您的留言將使用 Facebook 帳號。 登出 /  變更 )

連結到 %s