Pubmed是全世界最大生物醫學文獻資料庫，想要暸解最新文獻資訊時總會使用Pubmed來獲取資料並且將其彙整，使用Pubmed API的話，可以減少很多人力使用web page收集資料的時間。只要稍微一點http傳輸的概念，搭配相關語言的包（比如常用R的人可以使用httpr包、常用python的人可以使用requests包），可以很輕鬆地獲取想要的資料並且快速整理！

對於R的使用者，就更方便了，目前有RISmed, pubmed.mineR這兩個包，裡面利用Pubmed API來開發的封包，RISmed主要提供下載資料的接口，而pubmed.mineR則更偏重文獻分析的演算法，可參閱他原發表論文裡有提供三個範例。

在pubmed的官網有對於各種API使用的說明和範例, 其中Entrez Programming Utilities提供以下的幫助：

<br />The Entrez Programming Utilities (E-utilities) are a set of eight server-side programs that provide a stable interface into the Entrez query and database system at the National Center for Biotechnology Information (NCBI). The E-utilities use a <strong><span style="color: #ff0000;">fixed URL syntax that translates a standard set of input parameters into the values necessary for various NCBI software components to search for and retrieve the requested data</span></strong>. The E-utilities are therefore the structured interface to the Entrez system, which currently includes 38 databases covering a variety of <strong><span style="color: #ff9900;">biomedical data, including nucleotide and protein sequences, gene records, three-dimensional molecular structures, and the biomedical literature</span></strong>.

他主要使用固定的url字串語法，操作簡單易懂，且在Sample Applicatioins of the E-utilities一章中提供大量的pseudo code以方便理解！

主要有九種utilities提供使用，分別是：EInfo, ESearch, EPost, ESummary, EFetch, ELink, EGQuery,  ESpell, ECitMatch。每一個都使用不同的URL作為基礎request字串。

 

 

 

這邊有可以查詢的所有NCBI database