使用基因功能分類GO(Gene Ontology)分析(二):GO term的結構

GO term定義相當嚴謹,每個GO term間都存在一定的關係,可以使用DAG(Directed Acyclic Graph),即“有向無環”圖表示:

screenshot.png

某個圖中的一個圈圈就是一個GO term,也是一個節點(node),這些點的關係可以用parent和child來解釋,而整組網絡至少會有一個root,和leaf,在此圖來看,root就是A,而leaf為D, E, F,每一個點在網絡中的特性可以尤其所謂的depth 和 height表示,depth為這個節點距離root需要跨過幾個節點,而leaf則是這個節點到整個圖的最後一個時,要經過幾個節點。

另一個重點就是節點和節點的關係,有至少六種關係存在,分別是:regulates, negatively regulates, positively regulates, contribute to , colocalize with, not等等。

一個GO identifier由GO:nnnnnn組成,即GO字串加上七位數字,每個gene都有獨一無二的GO identifier, 但有多個形容此GO identified特性的GO term。

目前有需多使用GO來分析的網路工具UniGene, LocusLink(已不使用), Swiss-Prot, GeneMAPP, KEGG, PathDB. Reactome、DAVID。(遠不止這些…數繁不及備載)

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