GO term定義相當嚴謹，每個GO term間都存在一定的關係，可以使用DAG(Directed Acyclic Graph)，即“有向無環”圖表示：

某個圖中的一個圈圈就是一個GO term，也是一個節點（node），這些點的關係可以用parent和child來解釋，而整組網絡至少會有一個root，和leaf，在此圖來看，root就是A，而leaf為D, E, F，每一個點在網絡中的特性可以尤其所謂的depth 和 height表示，depth為這個節點距離root需要跨過幾個節點，而leaf則是這個節點到整個圖的最後一個時，要經過幾個節點。

另一個重點就是節點和節點的關係，有至少六種關係存在，分別是：regulates, negatively regulates, positively regulates, contribute to , colocalize with, not等等。

一個GO identifier由GO:nnnnnn組成，即GO字串加上七位數字，每個gene都有獨一無二的GO identifier, 但有多個形容此GO identified特性的GO term。

目前有需多使用GO來分析的網路工具，UniGene, LocusLink(已不使用), Swiss-Prot, GeneMAPP, KEGG, PathDB. Reactome、DAVID。(遠不止這些…數繁不及備載)