使用AmiGO和QuickGO來獲取Gene Ontology資料

獲取由Gene Ontology Consortium提供的Gene ontology資料有很多種方式,主要可以分為:
1. 網頁介面
2. 直接下載
3. 使用API

這邊分享兩個主要的網頁介面可以用來獲取Gene Ontology的資料:AmiGO、QuickGO

AmiGO
為Gene Ontology Consortium官方支持的網頁工具,由NHGRI-NIH所贊助,所以會根據NHGRI-NIH所補助的方向來發展,在網頁裡可以直接query, browse, visualizing GO的資料和從MOD, UniProtKB及其他地方搜集而來的annotation,詳細的來源可以參考,具有wizard interface,最近已大幅度提升運行速度,增加許多其他的資料型態可供使用如display of annotation extensions, protein form(splice variants and proteins with post translational modification)。

QuickGO
由EMBL-EBI資助,為The Gene Ontology Annotation Project中的一部份項目在,他比較獨特的是提供filter capabilities for GO annotation, powerful integrated subset/slim interface, 和historical view of the term.

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