簡介癌症幹細胞(Cancer Stem Cells) – 魔鬼在細節中(二):關於癌組織是否是株系層狀結構的討論

這一系列是閱讀此篇論文的摘要和整理
Valent, P., Bonnet, D., Maria, R.D., Lapidot, T., Copland, M., Melo, J.V., Chomienne, C., Ishikawa, F., Schuringa, J.J., Stassi, G., Huntly, B.J., Herrmann, H.G., Soulier, J.S., Rösch, A., Schuurhuis, G.J., Woehrer, S., Arock, M., Zuber, J., Cerny-Reiterer, S., Johnsen, H.E., Andreeff, M., & Eaves, C.G. (2012). Cancer stem cell definitions and terminology: the devil is in the details. Nature Reviews Cancer, 12, 767-775.

假如癌組織的演變是來自於從體幹細胞產生組織的過程中發生變異,轉化成癌症幹細胞,進而衍生出一群癌病變組織,那麼惡性腫瘤組織中的細胞間也具有層狀株系(clonal hierarchy),這想法聽起來蠻合理的,目前支持這觀念的研究通常都是從各類型癌症組織從血液腫瘤到實質腫瘤,經由功能性檢測(functional assay)挑選,重新植入免疫缺乏老鼠身上的實驗模型來推論,但後來發現即使這群從各種腫瘤組織中經由嚴格功能檢測實踐摘選出的癌症幹細胞,其實際上異質性相當高,且目前發現部分無法通過這樣功能性篩選方式的癌組織細胞,在不同條件下,其實也能具有發展成一整群癌症組織的能力。

這篇論文Quintana, E., Shackleton, M., Sabel, M. S., Fullen, D. R., Johnson, T. M., & Morrison, S. J. Efficient tumour formation by single human melanoma cells.Nature 456, 593–598 (2008). 便是在談論這個現象。其藉由調整原本用來篩栓用的免疫缺乏老鼠模型由non-obese diabetic/severe combined immunodeficiency (NOD/SCID) 老鼠改成 NOD/SCID interleukin-2 receptor gamma chain null (Il2rg-/-) 老鼠,原本大概只有0.1%病人癌症組織可以因此發展出癌組織,到27%病人癌組織的癌細胞都經由單一癌細胞便能發展成癌症組織。

These findings highlight the fact that malignant cells have perturbed gene expression program that might affect the normal stability or the developmental control  of the expression of certain cell surface markers particularly when the cells are put in vitro.

這樣的證據讓我們能發現到癌細胞其實是一群基因表現非常不穩定的細胞,尤其是在試管內的環境下,可能有許多不可預期的變化。

這些研究顯示或許癌症幹細胞(CSC)內的分子機制顯示其更偏向於一種不穩定的狀態,而到底是如何的調控關係牽涉進去這樣的“癌症幹細胞”狀態,對於當前的研究者便是一個很有挑戰的問題。

Stochastic State Transitions Give Rise to Phenotypic Equilibrium in Populations of Cancer Cells
Figure 5. Two Distinct Models of Cancer
Cell Populations from Gupta, Piyush B., Fillmore, Christine M., Jiang, G., Shapira, Sagi D., Tao, K., Kuperwasser, C., & Lander, Eric S. (2011). Stochastic State Transitions Give Rise to Phenotypic Equilibrium in Populations of Cancer Cells. Cell, 146(4), 633-644.

上面這篇論文Gupta, Piyush B., Fillmore, Christine M., Jiang, G., Shapira, Sagi D., Tao, K., Kuperwasser, C., & Lander, Eric S. (2011). Stochastic State Transitions Give Rise to Phenotypic Equilibrium in Populations of Cancer Cells. Cell, 146(4), 633-644. 頗有趣,使用馬可夫模型嘗試去解構癌症幹細胞這樣的狀態,是否可以用數學模型去解釋。

簡介癌症幹細胞(Cancer Stem Cells) – 魔鬼在細節中(一):定義

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Figure 1 | Models of cancer stem cell evolution: perturbation of the normal differentiation
hierarchy.

這一系列是閱讀此篇論文的摘要和整理:
Valent, P., Bonnet, D., Maria, R.D., Lapidot, T., Copland, M., Melo, J.V., Chomienne, C., Ishikawa, F., Schuringa, J.J., Stassi, G., Huntly, B.J., Herrmann, H.G., Soulier, J.S., Rösch, A., Schuurhuis, G.J., Woehrer, S., Arock, M., Zuber, J., Cerny-Reiterer, S., Johnsen, H.E., Andreeff, M., & Eaves, C.G. (2012). Cancer stem cell definitions and terminology: the devil is in the details. Nature Reviews Cancer, 12, 767-775.

關於“癌症幹細胞(cancer stem cells)”這觀念,如今依舊是討論非常熱烈,姑且不論其實質是否是正確的理論,但這概念在臨床或是研究的應用上卻非常有用,另一方面,癌症幹細胞的定義也隨者時間不段地調整。

Malignant cell populations are organized as unidirectional cellular hierarchies
in which CSCs constitute biologically unique subsets of cells, which are distinguished
from the bulk of the cells that they produce by their exclusive ability to perpetuate the growth of a malignant cell population indefinitely   

— from the paper: (2012). Cancer stem cell definitions and terminology: the devil is in the details. Nature Reviews Cancer, 12, 767-775.

假設惡性腫瘤組織是由少數幾個具有高度自我複製能力的癌細胞所產生,而這群具有自我複製和分化能力的癌症細胞便被稱為癌症幹細胞,在這個理論下,可以用來解釋部分病人的惡性腫瘤在接受治療後,一開始癌細胞數量大減,但一陣子過後復發,反而形成具有抗藥性的癌腫瘤,也就是說這類產生大多數癌組織的“癌症幹細胞”,能將這種抗藥性遺傳給其產生或者說子細胞株。當然,這類對於治療藥物的抵抗性,目前已知也和癌組織和微環境地互動有一定的關係。

這種有少數具由極強自我複製能力的所謂癌症幹細胞,所產生的癌組織,是否一定是符合單向階層(unidirectional hierarchy)關聯,由目前而來的證據,只能說不一定,當組織中有很多癌細胞都具有癌症幹細胞的特性時,有可能此癌症腫瘤組織裡有很多不同種的子細胞株所組成的。與其說是癌症幹細胞是特定類細胞,倒不如說是一種細胞狀態。

關於癌症幹細胞的定義

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再談癌症幹細胞前,先借鑒正常組織中的狀況來論述。

在正常組織中的迭代換新,認為是由少數具有自我複製和分化能力的所謂幹細胞所負責。有趣的是,這些我們定義廣泛具有自我更新特性的幹細胞,實際上在不同的發育階段和位置是非常具有異質性地,這觀念用來反推癌症組織中的“幹細胞”,可見這種的“幹細胞”特性,並非單純只是由單一基因突變或是單純某一過程所產生的。

      Interestingly, it has also become apparent that even stringently defined normal tissue stem cells with extensive self-renewal properties can be intrinsically heterogeneous with regard to their differentiation and self-renewal control in different sites or stages of development .

      Thus, heterogeneity among CSCs in a single tumour type, or even within a single tumour, cannot be assumed to be indicative of an abnormal (tumour-specific) process or to be a consequence of a DNA mutation.

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觀念上的癌症幹細胞定義(Conceptual Context)

惡性前期腫瘤幹細胞(Pre-malignant neoplastic stem cells) 這子類的腫瘤幹細胞可以將腫瘤細胞株持續茁壯,有可能可以再度發展成所謂的癌症幹細胞,但其沒有立即性的癌化驅動潛力。

A subclass of neoplastic stem cells that can propagate neoplastic clones that may or may not develop into cancer-stem cells over time, but have no immediate cancer-initiating potential.

癌症幹細胞(Cancer stem cells)、惡性腫瘤幹細胞(malignant neoplastic stem cells) 這子類的腫瘤幹細胞具有發展成惡性腫瘤細胞株,形成癌症的能力。

A subclass of neoplastic stem cells that propagate malignant clones indefinitely and produce an overt cancer

實驗操作上的癌症幹細胞定義(Operational Context)

體內(in vivo)腫瘤驅動細胞(Neoplasia-initiating cells) 將這類癌腫瘤驅動移植入免疫缺乏的老鼠體內,會形成腫瘤組織,且持續存在。

Cells that regenerate detectable neoplastic populations in xenografted immunodeficient mice that are sustained. usually measured by LDA(limiting diluting assay)

腫瘤或是白血病驅動細胞(Tumour or leukaemia-initiating cells) 將此類腫瘤幹細胞植入免疫缺乏的老鼠,可以產生可檢驗量的癌組織。

A subclass of neoplastic stem cells that regenerate detectable, sustained malignant populations in xenografted immunodeficient mice, usually measured by LDA

腫瘤長期培養驅動細胞(Neoplastic long-term culture-initiating cells) 將此類腫瘤細胞培養在體外環境中,滿足其支持條件,可以包涵惡性前期或是惡性腫瘤細胞。

Cells that can initiate the sustained production of neoplastic populations when cultured in supportive conditions; can include pre-malignant and malignant neoplastic cells, usally measured by LDA

腫瘤球狀細胞(Neoplastic sphere-forming cells) 此類細胞可以在體外培養中,不需依靠環境,形成漂浮組織,且能持續成長。

Cells that can initiate the production of non-adherent ‘sphere’ of neoplastic progeny in in vitro cultures, can include pre-malignant and malignant neoplastic cells, usually measured by counting spheres that can generate secondary spheres when re-plated

這邊比較重要的地方是去假設癌症幹細胞的細胞株係跟正常組織由體幹細胞衍生而成的,有類似,也有相異的地方。

書籍閱讀MIT Essential Knowledge series : Self-Tracking 自我量化

「self tracking」的圖片搜尋結果

這本書是MIT Essential Knowledge Series的其中一本,這一系列大都是請一兩位相關領域的教授,針對目前重要的科技,談論一些入門的知識和想法,而這本Self-Tracking則是談論如今所謂各種使用感測器來量測人體的現象,由牛津大學教授Gina NeffIntel的人類學家Dawn Nafus所寫,觀點特別,蠻適合細細品讀的。

這本書總共有六個章節:

  1. An Introduction to Self-Tracking
  2. What Is at Stake? The Personal Gets Political
  3. Making Sense of Data
  4. Self-Tracking and the Technology Industry
  5. Self-Tracking and Medicine
  6. Future Directions for Self-Tracking

第一個章節,這本書介紹了圍繞"量化自我(Quantify Self)"的定義、概念、社群、量化的工具和相關會議。從偏向醫療需求,以病友為核心的社群到純粹自我興趣的社群,範圍很廣。如病友網站如Patients Like Me (中文介紹) 、Cure Together(已被23andme買下來)。面向健康群體的Coached.me  。專業人士的社群則有TEDMed, Stanford’s Medicine X, O’Reilly Health Foo, HIMSS, Health2.0,關於這類的學門,偏向電腦科學的則有Ubicomp, Persuasive Computing, Computer-Human Interaction, Ubiquitous Computing. 當然最著名的就是QS社群

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Trackers focused on their health want to ensure that their medical practitioners don’t miss the particulars of their condition; trackers who record their mental states are often trying to find their own way to personal fulfillment amid the seductions of marketing and the errors of common opinion; fitness trackers are trying to tune their training regimes to their own body types and competitive goals, but they are also looking to understand their strengths and weaknesses, to uncover potential they didn’t know they had. Self-tracking, in this way, is not really a tool of optimization but of discovery.      

Gary Wolf,The Data-Driven Life New York Times, Dec 14, 2015

量化自我下的議題:

1. 正常與否
如何判斷某項量測值是所謂的正常值?這樣的數值由誰決定?如何決定?
2. 大眾參與,問問題的方式
數據可以用來回答問題,而傳統的數據來自於嚴謹的實驗設計和提問,而如今這類型的自我量化,能也達到此類似的效果?

如何讓這些資料有意義?

這些量化產生的資料,常用來做下面五類的事情(當然實際上有無限種應用可能,這只是大致的分類):

監測和評估(Monitoring and evaluating)

自我量化用來作為評估和監測,是最常見的應用,不一定需要非常數值化,比如書中提到一位QS愛好者Amelia Greenhall,其在QS 大會分享其紀錄的方式,每天只要有慢跑,就在佈告欄上貼上一顆星星,當觀察星星的數量就可以知道自己總共跑了幾點,即使這方式對某些人來說,不夠精確,但其實就足夠作為Amelia Greenhall她作為監督自己運動量的方式了,換句話說,重點可以不在“多精準精細”,而在能否讓你用這些資訊來做評估。

而這部分比較有趣的一個議題就是想要監測和評估的活動,最難的可以說是進食了,跟隨目的不同,會稍稍有記錄角度的差異,比如想要減重的話,對於熱量的飲食估計,變得很困難,有的人就簡單用進食前拍照的方式來記錄飲食狀況,所以從這可發現同樣一個行為的監測,可以有百百種辦法來做量測,重點是能否讓資訊給使用者使用。

Many self-trackers think of this process as a kind of feedback loop, a term from computer science for a system that generates information and then adjusts in response to that information

另外一個有趣的角度便是當量測的行為成為習慣,有時自動化紀錄的工具沒有攜帶,便會讓量測出現誤差,而造成自我量化者的抱怨,因為他們會覺得因為沒有記錄到,所以就沒有做過這件事情的感覺,所以他們也常倡議說這類自我量測的機器應該要能讓使用者保有自由輸入的彈性。

產生新覺知(Eliciting sensations)

這角度蠻有趣的,藉由量測某些自我的數值,在感受自己身體的變化和觀測相關的數據時,讓自己產生某些新的感知能力。社會學家Whitney Boesel 談到他的一個女性被觀察者,當他反覆的使用居家排卵監測器時,慢慢能具有對於身體即將排卵的強烈感受能力,而另外一位在美國的男性則是頻繁地使用血糖計,量測自己對於各種食物和事件後的血糖反應,逐漸地其開始能有能力去感受自己可能的血糖反應。

The data becomes a “prosthetic of feeling," something to help us sense our bodies or the world around us.

試誤性地調整(trial and error)的方式往往是這類型量化的風格,因為往往隨者追蹤的時間越多,對於感受到的情緒變化,會更加的精細(nuanced),此時通常可以利用標籤式來解決此類問題,比如此時同時感受到“開心”、“驚喜”,且另一方面,要保持較開放的態度,避免過早判斷(keep at bay the urge to judge),相對於醫療診斷的聚焦可能性,產生新覺知類型的自我量化更偏向於形成假說,盡量地發展各種情緒/感知可能的存在或記錄方式。

找出問題(Debugging a problem)

除蟲(Debugging)這字彙是資訊工程中,用來描述尋找程序中錯誤的行為,而自我量化的工具在醫療診斷上,同樣可以作為這樣的目的而存在,這邊可以分享Anne Wright的故事,Anne Wright本身是NASA機器人工程師,其有些腸胃問題,但在拜訪許多醫師後,都沒有找到很好的解釋,於事他開始自己收集各式各樣自己的身體資訊和飲食紀錄,後來發現有三樣食物會讓他腸胃道不舒適,於是Anne Wright開啟了一個項目稱作BodyTrackBodyTrack,用來幫助人們理解自己的數值。Anne Wright的故事提醒我們醫學上的知識常常是去看鐘形曲線的中間,而偏離這類鐘形曲線中間的現象,往往沒有很好的方式去尋找可能的問題,或許自我量化可以提供每個人一個找尋自己身體狀況的因果關係之工具或做法。

The purpose of debugging is often to figure out how to solve a problem or what brings relief, not necessarily to find the underlying biomedical cause.

培養習慣(Cultivating a habit)

習慣培養這件事情,一直是各類社會科學、臨床醫學中很難的一個題目,而自我量化的一個很重要的目的,便是希望能培養或者說改變習慣。史丹佛大學的B.J Fogg教授便是這方面行為設計的大師,這裡有些他在Ted的演講 忘掉大改變,從微習慣開始,蠻有趣的。

Self-trackers sometimes talk about “chaining" habits together by timing a new  habit like doing sit-ups just after a preexisting habit, like drinking coffee, so that they effectively become one long gesture – a morning routing, say. Pyschologists call this ‘triggering’ the behavior, or creating the reminder for an action in the routine.

視覺設計原則:Salience – 凸顯

 

The fact of being important for or connected with what is happening or being discussed of     — definition from Cambridge Dictionary

視覺設計原則中,如何去“凸顯(salience)”重要的要素,是其中一個技巧。其目的便是能創造合適的對比,讓觀看者能快速地看到局部的特徵。

Points Of View : Salience Fig1
salience through visual features

從這篇Nature methods的文章Fig1-a,可以發現一眼望去,符號A相對於P,很容易就被看到,這樣的設計就是所謂的凸顯,可以使用顏色、大小、方向、形狀、標記、動作、分組的方式去達到這個目的。

凸顯的目的有二:

第一個,降低觀看者的認知負擔,減少其找尋到特定特徵和意義的時間,適合在像是簡報或是海報等,觀看者同時還在聆聽資訊,兩種感官在競爭觀看者的注意力。

第二個,加快使用者理解較複雜圖形的意義,以便理解設計者進一步疊加在視覺表達上的意義。

Points of View: Salience Fig2
Visual conjuctions

從Fig2的真實例子可以發現,如今的資料複雜度是越來越高的(所以視覺化設計的能力便需要提升),往往想要在一張圖中,放入多維度的意義,這樣就無法良好的凸顯想要傳達的一系列訊息,實際上,可以用Fig2-b的方式,有效地且次序地表達到想要呈現的資訊。這類的圖片通常需要觀者去執行所謂的Visual conjuction的搜尋(看圖標,然後進而去主圖中搜尋),當圖標過多種,此時就達不到良好的突顯,讓使用者找尋特定資訊和理解的時間增加。

 

閱讀參考:

Bang Wong(2010). Points Of View: Salience. Nature Methods
Ware, C. Visual Thinking for Design (Morgan Kaufmann Publishers, Burlington Massachusetts, USA, 2008).

視覺設計原則: Gestalt Principles

「gestalt」的圖片搜尋結果
Fig from WiKi

Gestalt principle是在1920年代被德國心理學家們(格式塔學派)所提出的人類視覺感知理論(Perception theory),Gestalt這個字是德文的形狀之意,這原則是用來說明人類如何去理解所看到的東西,並將其編碼成資訊。如今這理論可以反向用來做為各種視覺設計的原則,幾乎在平面設計、網站設計、前端設計、簡報設計等等會需要使用者“看”的領域,都有很重要的角色,比如Google Design這部談論設計的影片

Gestalt is the interplay between the parts and the whole. … The whole is ‘other’ than the sum of its parts          

而藉由設計平面上的物件根據這些原則便能添加多一層的資訊給與觀看者。

跟視覺設計有關的這些原則是什麼呢?

這邊我們來介紹一些跟"Grouping"概念有關的原則:相似性(Similarity), 相近性(Proximity), 連結性(Connection),包覆( Enclosure)。以上這四個原則會影響觀看者如何將獨立物件間做分群,

相似性(Similarity)

在閱讀或是觀看者會把外觀相似的事物歸類成同一個類別,會是認定它們間有所關聯,這特質算是我們人類蠻直覺有的視覺理解方式,所以利用相似性原則,我們圖形處理上,利用字型、顏色、物件方向和白色等等來創造視覺上的關聯性。

相近性(Proximity)

相近性的特質是利用空間上的相鄰,把物件關聯再一起,這特性可以讓我們用來安排如論文的圖片排列方式,用來控制觀看者的順序,比如有四張圖,我們希望觀看者兩張兩張的看,那麼經由排列的方式,兩個一組,組間間距加大,便能直覺上使用兩組兩組的看。

連結性(Connection)

相對於相似性、相近性的關聯效果,直接將兩個有關連的物件直接連結(最簡單的方式就是用線相連),可以直接且強烈的把兩個可能有距離或是外觀沒那麼相似的物件,釋放給觀看者兩者間可能有其他關聯性。

包覆(Enclosure)

包覆便是直接將同類或是想強調的物件們,用圖形包圍成塊,這種視覺暗示的方式力道非常強。

原則間效用的大小

下面這張由Bang Wong文章裡的圖,清楚的讓人理解到這些原則間在視覺上創造的效果,彼此間的強烈程度。

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閱讀參考

來自Nature Methods education series Points of View,超棒的系列!對於生醫研究者對於資料視覺化有一定的幫助!
Bang Wong.(2010). Points Of View: Gestalt principles(Part 1/Part 2). Nature Methods

網路上介紹Gestalt principle在網站或是前端設計的文章

Cognitive psychology for UX: 7 Gestalt principles of visual perception
Gestalt Principles for Designers – Applying Visual Psychology to Modern Day Design
User Experience (UX) topic overview/definition :Gestalt Principles

搭建多層式網絡視覺化(visualization of the multilayer network)模型: 使用three.js, d3.js , Lodash 和observable(ㄧ)

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用多層次網絡(multilayer network )視覺化多組學資料

最近花了些時間把之前多組學(multi omic)資料分析的結果,往下延伸去做資料視覺化已呈現一些insights,到底該如何呈現一些複雜的觀念,來把高維度的資料,簡化成人眼有感覺的事情(好難啊!),整合了基因調控、基因產物間的互動和基因集的資料,當然,無法只用一張圖來說清楚一整個研究的思維,但總是希望能如提高Edward Tufte所說的data-ink ratio可參閱這篇 ),所以過程等於是一個打掉重做打掉再重做的過程

這設計其實是想要打破單純simple network的問題,因為回答或是用數據來解構生物問題時,常常會有不同層次的系統交疊,如今許多高通量的資料,他經過註解後,其實資料的維度是很高的,會需要用multilayer來把複雜性降低,以便讓想呈現的模式呈現,於是便需要用到multilayer network來架構這樣的multi-omic資料(可參閱這篇),不過話說,在多層次網絡這框架下,其實還很新,所以如何去設計layout背後的演算法,是個新的世界。

解決跨層間連線(between layer links)的視覺化問題

在keep simple的原則下,原本希望用css的transformation特性和d3.js就能完成這最初版本的多層網絡視覺化設計,但後來鑽研許久,把css 裡面的translate3d, rotate3d, perspective等特性來用在由d3.js產出的svg上,從實踐端踩了一遍,遇到蠻多有趣問題的(怪蟲xd)。關鍵在做“跨layer間的線”時會遇到很大的問題,其中一個關鍵是css 在做出3d效果時,所謂z座標的實現化,似乎是處在一個黑盒子,假如要完全模擬出來3d效果,其實就要重新用js改寫這些函數,來自己做這些座標的轉換,因為這樣做有點“重做輪子”的感覺,於是就硬者頭皮進入到webGL的領域,也就是原生的3d世界。

使用three.js來入手webGL的3d世界

老實說,three.js比d3.js更容易入手,這一點超乎我的想像,不過相對於d3.js在data-driven這一塊的設計,three.js就要自己重造視覺模塊跟資料的關聯,畢竟他其實不是為了“資料視覺化”(data-driven)而出現,是為了3d動畫、webVR而出現,但至少光3d的座標,就可以讓我直接使用(x,y,z)來做跨層間的資料處理,省下了一層功。另外,three.js也讓我看到了另外一種可能,因為在d3.js的操作下,很容易遇到速度瓶頸,尤其是在超複雜的視覺化上,速度會到一種慢到想哭的地步,每次render都要花到3-5分鐘,three.js則因為可以使用gpu來做視覺處理,皆有所謂的buffer設計,所以這特性可以好好用來做一些加速使用,甚至GPU運算。

用Observable來做快速prototyping

Mike Bostock新開發的Observalbe工具真的很棒,無痛版的jupyter,且越用越覺得他設計理念很棒,Observalbe基本上可以讓你直接使用各種js library,在上面邊寫邊摸索,且他引入蠻多interactive的概念,所以你可以設計一些reactive的參數,來調整資料,尤其在3d的世界中很重要,你通常要藉由直接嘗試來找到適當的呈現角度。

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可以看到observable notebook裡面可以設計滑動的參數,來調整觀看角度,因為three.js設計的方式,你會需要設定觀看角度的各種參數,所以使用這互動性的設計就能快速找到合適的觀賞方向。

D3.js的d3.simulation來提供network的layout

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可以看到最頂層的那個網絡是有layout的,這個layout便是使用d3.js 的d3.simulation來做背後計算的,當然這就會產生一些資料延遲的問題,這部分之後詳細分享。

文獻閱讀:哈里遜內科學第3章 臨床決策的認知模型

這章節是由Daniel B. Mark(Duke University Hospital)和John B. Wong(Tufts Medical Center)兩位醫師所合著的,在談論臨床推演思維,如此飄渺的主題談論得深入淺出,且把臨床的認知推演模型描述得非常清楚。
要如何定義一位臨床高手呢?(這篇的重點便在談論如何解構一位高手臨床醫師的思維,所以便需要起手來一個定義)
這個問題很難回答,目前也沒有很好的方法可以來做評比,實際上,的確會有少數臨床醫師常被當其他醫師遇到困難案例時作為諮詢對象,但這些臨床醫師高手也無法說清楚,且實際上臨床能力(clinical virtuosity)也無法一概而論,通常每位醫師都會有專精的地方,厲害的眼科醫師可能連簡單的血壓都不會處理,反之亦然。
當代在探討推演思維的模型最常使用所謂的dual-process theory來做,也就是系統一(快思考)和系統二(慢思考),這邊借用來架構臨床思維的推演,可以簡單把臨床上的認知思維模式分成快思考和慢思考兩類,這邊主要談論的是關於疾病診斷上的思維方式。
 系統一(Intuition)快思考,主要是由模式辨認(pattern recognization)所來,有可能造成所謂的premature closure,過早地對於病人的症狀做結論而忽略了可能的問題所在,模式辨認這種認知模式可以稱為heuristics(cognitive shortcut or rules of thumbs),可以簡單分成四類:
  • representativeness heuristics
    • 定義when assessing a particular patient, clinicians often weight the similarity of that patient’s symptoms, signs, and risk factors against those of their mental representations of the diagnostic hypotheses being considered.
    • 將看到的案例跟腦海中的舊案例比較後,取出較類似的案例出來
  • availability heuristics
    • 定義involves judgements based of how easily prior similar cases or outcomes can be brought to mind
    • 將看到的案例後,腦海中第一個跑出來的想法和案例
  • anchoring heuristics (conservatism or stickiness).
    • 定義 involved estimating a probability of disease and then insufficiently adjusting that probability up or down when interpreting new data about the patient
    • 將看到的案例,依照之前最常碰到的案例來處理和思考
  • simplicity heuristic
    • 定義use the simplest explanation possible that will accout adequately for the patient’s symptoms or findings
    • 用最簡單的方式來解釋

除了套用簡單的認知模型來解釋系統一在臨床上演繹的種類,認知科學家發現臨床醫師在面對複雜問題時,會採用分析推演的方式(Analytic reasoning processess),或者稱作Hypothetico-dedutive model,藉由不斷假設,然後推翻,經過一連串所謂的"Diagnostic imperatives",是常使用的策略來面對那些不常發生的診斷或是確立最終問題根源的方式(所以常會在SOAP中看到需要rule out 什麼,這便是一種所謂的Hypothetico-dedutive model)。

資深臨床醫師常會將資料分成幾組,且儲存在工作記憶,用此來做各種分類和模式辨認。醫師通常藉由刻意的建立大群相互關聯的知識網,來提高其對於各類症狀、機制等等的連結。
Elaborate conceptual networks of memorized information or models of disease to aid in arriving at their conclusions. expertise involves an increased ability to connects symptoms, sign, and risk factors to one another in meaningful ways, relate those findings to possible diagnoses, and identify the additional information necessary to confirm the diagnosis.
未來的醫師更有機會且更容易接觸大量的資料,但能不能因此而快速成為專家等級的臨床醫師,還是需要花時間建立自己的external internalized database of knowledge and experience not available to novice.
increased attention is now being paid to understand how best to adjust group-level clinical evidence of treatment harms and benefits to account for the absolute level of risks faced by subgroups and even individual patients, using validated clinical risk scores.

 

《刺胳針》期刊觀點 : Improvising Medicine – cultivating ensemble

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這是《刺胳針》期刊上的觀點專欄,是看到Eric Topol在Twitter上的轉推,優美的一篇文章。

Improvise, Verb 在劍橋字典上的定義:

  • to invent or make something, such as a speech or a device, at the time when it is needed without already having planned it
  • When actors or musicians improvise, they perform without prepared speech or music, making up the play, music, etc. as they perform it.

閱讀的時候也是蠻困惑什麼叫Improvising Medicine,難道是即興的治療嗎?那不就是等於隨便治療,原來他想表達的是醫療場域中各領域人員的合作就是一場即興表演,但在醫學教育中往往知識的記憶,技術的演練變成核心,但假如用爵士表演來比喻,那是在練習樂器的聲音本身。

Cultivating ensemble

作者Roger KneeBone醫師提到將醫療場域的行為,類比於爵士樂,是閱讀到一篇2007年由醫師同時也是爵士史愛好者Paul Haidet所寫的:

how jazz musicians become expert in “cultivating ensemble"(working with a team), “creating space" for the music to unfold, and “developing voice"(a fresh and original sound)

作者提到其外科訓練過程中,往往專注在手術的技術習得上,但直到其行醫多年後,才慢慢理解到不能只沈浸在自己的“手術”,還要在意團隊成員在做什麼,適時的保留空間,讓其他人發揮。我想這段想法其實可以拿來用在團隊合作,關鍵在留給別人空間,而非只關注在自己想要的事物上。

The confidence and stability only emerged from a long period of uncertainty, and trying on multiple identities before settling on one that worked.

閱讀參考:

Kneebone, Roger. Improvising medicine. The Lancet , Volume 391 , Issue 10135 , 2097

 

 

探索資料庫應用(二):Taiwan Biobank台灣生物資料庫計畫

台灣生物資料庫計畫是2012年開始的大型資料收集計劃,針對台灣人年紀在30-70歲之間的對象收集健康醫療資料,收集據點遍佈全台灣,第一波收集的方式主要向社區招集自願的民眾,用醫療卡車的方式來吸引民眾去貢獻自己的資料,第二波則是面向各醫學中心,針對十二項慢性疾病為目標,來招募患者。

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第一波一般民眾預計招募20萬人。

這些個案會追蹤骨質疏鬆狀態、消化系統(腹部超音波)、甲狀腺(TSH, T3, T4, free T4)、心血管疾病(頸動脈超音波)、心電圖(心電圖)。檢體方面,則收集了血液、尿液。比較特別的是還做了各種完整的基因體資訊從基因晶片、甲基化、HLA分型、次世代定序等,是非常完善的資料。

第二波針對特定疾病

十二種疾病分別是肺癌、乳癌、大腸直腸癌、肝癌/肝炎、頭頸癌、心臟血管疾病、糖尿病、腦中風、阿茲海默氏症、氣喘、子宮內膜異位、慢性腎臟疾病),與台大、北榮、北醫、三總、中榮、中國醫、中山醫、彰基、成大、高醫、高榮和慈濟合作,預計招募10萬人。

Taiwan BioBank 開放基因資訊瀏覽器

目前台灣生物資料庫有架設基因資訊瀏覽器,方便去觀看目前的一些基因體資訊,網站功能蠻方便的,可以選擇資料來源的技術(illumina, Ion Proton, Affymetrix array),使用染色體位置或是基因區段來瀏覽資料。screenshot.png

 

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可申請的檢體種類

目前可以申請的檢體種類有尿液、血液,相關的資料可以有問券資料、理學檢查資訊、實驗資訊(各式基因資訊)。

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資料來源:
台灣生物資料庫計畫 沈志揚、楊壹懷、褚候維

書籍閱讀:Being Online在線-數據改變商業本質,計算重塑經濟未來

 

愛迪生發明了夜生活

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這算是本老書,在2016年出版的,去年2017年底商業周刊重新發行了繁體版,稍微更訂了內容。作者是王堅,再加入阿里巴巴之前曾任微軟亞洲研究院常務副院長、杭州大學、浙江大學心理系教授、博士生導師兼任主任,再加入阿里巴巴後從一開始擔任首席架構師到現在阿里巴巴集團技術委員會主席。

這本書在用一個非常寬廣且初心的方式去闡述這世界因為網路而造成的改變,其中在談“在線”這件事情對於人類的影響。

這邊有關於王堅的演講視頻在騰訊大學裡分享技術領導力的影片

2016年的氛圍大都在談論“大數據”,而此本書便是在這樣脈絡下撰寫的,現在閱讀起來完全不會讓人感受到“不受用”,對比當下在“人工智能”的氛圍,其實這本書談論的“在線”更加本質,的確是可以幫助自己以更高的角度來看當下所處的時代。書中寫道:

在線,需要以世紀這一時間單位來度量,來進化,來討論

從數字到在線的進化

有了網路之後,許多事情影響力都放大了,不論是生產連接器的公司、戰亂地區的極端事件影片之散播、地圖從傳統數據轉成在線地圖,到把研究論文放置到arxiv網站的數學家,維基百科對比於大英百科全書,“連接”這件事情在本質上跨大了單點的影響力,且賦予了新的意義。以前獲取5000萬用戶需要50-60年,而如今的時代一個服務要獲得一億用戶,可能只需要兩年的時間,一個人能用好雲計算公司的服務,哪怕只有一個人,也可以擁有10000人公司的計算能力。

從信息到數據的進化

數據比功能重要

在互聯網的時代,數據才能帶來不可替代的社會價值,用數據去解決一個今天已知的問題,那部匯市數據最大的價值,頂多只是眾多價值中的一部分,數據可以讓你看到你還不知道的問題,同時幫你解決這個問題。為何數據比功能還重要呢?王堅舉了三個例子:(仔細思考,會發現這邊可以用另一個角度來看,可以參W.Brian Arthur的書The Nature of Technology,如何去看待到科技)
1. 伽利略的望遠鏡:讓人們可以觀察地球以外的世界
2. 顯微鏡:讓世界可以開始理解微觀世界
3. 雷達:讓現代戰爭成為數據的戰爭

如何讓在線的數據成為可能,要先有成熟而令人信任的雲服務,此時所謂的大數據才能開始奠基,而在線的數據緊接者有另一個特點,來加速其擴大,便是利用開放與分享的特性,開放不是免費,開放的關鍵在於原則上大家處於平等的關係,分享的重點則在於資源不會那麼容易被獨佔,壟斷變得非常困難。這一章感覺是在埋阿里雲的理念,假如未來數據是最具價值的,而這些數據是以在綫方式存在,那麼阿里雲的存在,好比銀行在上個世紀的角色,所以阿里雲必須在這個點上努力爭取讓使用者對其的信任。

從計算機到計算的進化

事物之間的區別,有時候不是由它的物理型態決定,而是由他的服務形式決定

這章談的是將雲計算的普及會遭遇的障礙類比於電力系統普及的過程,以前沒有大型電網系統的時候,人們需要用發電機來支持自家的電力供應,當特斯拉用交流電的方式發展大型電力系統時,曾經造成人們的恐懼,如今電力之於人類,就像是服務一樣容易取得,而計算有一天也會脫離所謂的計算機,變成人們唾手可得的服務一樣。

這章最後談了一個關於電影院與空調兩個事物,相輔相成的例子來談雲計算普及後,將只是未來變革的其中一個化學反應,而另一個就是各行各業的應用場景。

兩樣東西的結合,可以產生化學反應從而誕生新的東西。雲計算就是化學反應的一部分。

“過去看電影,只能晚上看,因為天黑了才能看清影像;另外,看電影還得冬天看,如果是夏天,門一關,一堆人擠在電影院裡面,會熱壞的。

1925年,威利斯。開利(Willis Carrier)說服派拉蒙電影公司在紐約時代廣場新建的李沃立大劇院安裝空調系統,承諾能為其觀眾提供涼爽的空氣。劇院開張時非常成功,人們紛紛湧向劇院,空調變得和電影本身依樣享受空調就是在電影院裡面。五年內,全美300多家影院安裝了空調系統。”

App很好,Web更好

我感覺App裡面是長不出亞馬遜叢林的,但是互聯網上可以找出雅馬遜森林,Web上也可以

這章從APP系統談到Web世界,主要在談阿里自主研發的YunOS,其大概的開發始由,緊接者則是談論所謂線上和線下的融合,關於生活因為在線後邊界的改變。

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