Introduction to Microarray

Affymetrix microarray平台是源於1980末期由Stephen Fodor生化博士領導的團隊所開發出來的,主要是利用半導體製程結合化學技術來將DNA或是mRNA以維陣列地方式形成晶片,來進行一次性大量基因表現的量測。10年一片microarray晶片要快十萬塊台幣折合3000多美元,如今一片大約低於一萬元且一次檢測的數量更多,彰顯科技進步的速度有多快,如今次世代定序出來後,microarray的聲勢便如日暮西山般的感覺。

關於microarray最重要的概念就是probes、probesets,而probes就是用來結合特定mRNA,相對於其他的microarray,affymetrix microarray的probe為25-base long oligonucleotides,而一組probesets由11個能針對特定mRNA transcripts結合的probes。其中設計上最重要的問題就是probe對於single transcripts的特異性,衍伸出後面很多分析上要知道的預設。

Reference:Willem Talloen and Hinrich G√∂hlmann, Gene Expression Studies Using Affymetrix Microarrays,CRC 2009

Bioconductor:基因體學研究的好幫手(一)

什麼是Bioconductor?

簡單來說,Bioconductor是一個含有936個R語言packeges的開源軟體平台,開始與2001年,其原始開發團隊由Robert Gentlemen領軍,由美國的Fred Hutchinson Cancer Research center領頭發展,成立的目的是為了提供高通量基因體學研究資料更好的分析工具,相對於R的發展開源且沒有任何資金贊助,bioconductor其實是一個有接受NIH資助的計畫,目的便是發展直接處理高通量資料的工具。

所以假如你是一個生物領域的研究人員,那麼一定不能不知道它,雖然目前市面上有很多商業軟體,但此工具通常會有最新資料處理的工具,像最近火紅的NGS資料,就常常需要依靠它。

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關於飲食

總覺得吃對一個人來說莫名的重要,尤其是進食這個過程對於疲憊心靈的補償效果

就算不是在很飢餓的狀態下,看到美食頻道的精彩料理,依舊會引起內心中的一絲絲漣漪

常在想為何很累的時候,不能就隨便吃個什麼就結束這一回合

往往在回到家前,無法自拔的開始搜尋能令人身心滿足的食物

除了面段真實的食物影像那種令人心曠神怡的效果

閱讀關於食物的文字也有些許療癒的效果

就拿我最愛的蔡瀾部落格,很簡單的文字但書寫關於食物的描述

總是能旁徵博引,吃完一個食物能帶出幾十個能相提並論的美味

這種還能攝食、還有閒時看散文的時光真是寶貴啊!

為何我們需要prototyping?

Prototyping的目的主要是儘早的驗證我們對於產品設計或是其他觀念上的測試。而我們所設計的prototyping必須要能回答我們在設計過程中的問題,而通常在prototyping的過程我們會發現從沒想過的事情!所以在打造我們的prototyping前,要記得一個很重要的觀念:“我們想要用這個prototyping來回答什麼問題?”

在prototyping中有兩種prototyping:
CEP(Critical Experience Prototype)和CFP(Critical Function Prototype) ,其中CEP是為了測試及了解使用者情境所打造的,其著重的是氛圍和體驗上的模擬,另一方面,CFP則是強調其功能上要能達到其設計的木的,而不能僅止於外型或是操作模式的程度,這樣的分類可以提供思緒上比較清楚的脈絡去摸索!

工程思維角度

在不同訓練環境下成長,思維角度真的是很不同,醫學訓練本身帶有點歸納法的概念,以疾病來說,會有個大架構:流行病學=> 病生理機制 => 治療 ,但這架構是一個醫師接觸病人時的思維演進,換句話說,是一種從大到小的順序,但工程師則相反,其會從最小單位開始去分析區塊,再把他串起來,固定架構後,再添加個區域的骨肉。

單就工程師與醫師在做部落格的時候就有這種差異,工程師希望能文章架構管理清楚,時間序或是主題序排列,另一方面,醫師希望的是文章主題顯眼,且能把重要與不重要的文章以動態地在部落格中出現,雖然這種歸類有很多Bias,不過倒是蠻有趣的一種觀察。