給生物學家的計算分析(六):shell下建立scripts

閱讀自Practical Computing for biologists by Haddock Dunn

完整建立一個scripts是幫助自己在command line完成許多事情的力氣,就不用再做很多重複的工作。

基本概念:所有在command line底下的指令本就就是一組scripts

所有在command line下的使用指令,本身就是一個scripts,只是他一開始就安裝好了,如ls、cd、rm..等等,我們來看看他們放哪邊!screenshot.png

我們使用which這個指令可以用來找尋物件在系統中的路徑,會發現這些基本指令都放在 /bin 裡面,這資料夾放滿系統各式重要的資料,當我們輸入cd按下時,系統會去尋找這幾個資料夾內的scripts,看有沒有符合的名稱,有的話就會執行!那哪邊可以知道放置這些系統會去尋找的特定資料夾呢?

screenshot.png

使用echo $PATH,就能叫出目前系統當指令輸入後會去尋找的路徑!各個路徑用:隔開。所以我們只要把建好的檔案放進去這些資料夾中,便能像是cd一般的指令來使用,但把自己弄的“土炮”scripts弄髒系統裡面核心功能資料夾,似乎不是個很好的方式,所以另一方式就是建立一個資料夾,然後把其路徑放入$PATH中,似乎是個不錯的方式!那要如何做呢?

以MacOS系統為例,每個帳號都有一個系統隱藏檔案.bash_profile,是來儲存各種個人的設定,(在linux中為.bashrc),可以在母目錄裡輸入 ls -a 看到此資料夾screenshot.png

在裡頭輸入

screenshot.png

那如何將command lines結合成scipts可以參考這篇文章如何將command lines 組合成shell script

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