2018 Rocky Bioinformatic Conference 行腳

今年另一個特休挑了2018 Rocky Bioinformatic Conference來參加,順便投了一篇關於複雜網絡資料分析的海報,舉辦地點在美國 科羅多來拉州的亞斯本(Aspen) 斯洛馬斯 (Snowmass),時間在12月5-7號,這算是比較小型的會議,只有約17年的歷史,是ISCB下的會議。

對於從美國境外到這個地方的機票比較難買,必須分段買,像這次就是買香港航空從台灣到洛杉磯的機票和聯合航空洛杉磯到雅斯本(Aspen)的機票,中間要自己抓轉機時間。

到亞斯本機場後,一片靄靄白雪,難怪是區域型的生物資訊會議,不過這可能對美歐美人士算是正常冬天吧,對於亞熱帶區的黃種人有點吃不消,機場對外的交通有免費的巴士接駁,公車等候站有紅外線燈和電子儀表板,顯示下一班公車抵達時間,可以避免在外面抖腳發寒。

Rocky2017的議程總共有三天,每天的12pm-4pm都有滑雪時刻,其他則是keynote speaker(40分鐘)和lighting speaker(10分鐘)交雜再一起,上午和下午的議程會有20分鐘的休息時刻,有點心吧可以享受。整場會議主要是以科羅拉多州為主,部分來自其他地區的大學,主辦方為科羅拉多州大學醫學院,附屬於ISCB下的會議,沒有水平議程,少了多頭馬車的困擾,當然隨之而來的是蠻雜的talk。

今年會議主席是Larry Hunter教授,是科羅拉多州大學計算生物學程的負責人,也算是Rocky會議的起始人之一。

會議主講人之一陸致用(Zhi-Yong, Lu)博士,其為NCBI文獻搜索負責人之一,其分享蠻多Pubmed近期正在改進的功能,打破對於Pubmed的傳統印象,原來其背後負責的科學家花了非常多經歷在改善使用者,以及增進Pubmed對於公眾的效用,還利用這個平台來做為其科研的路線,使用機器學習甚至深度學習的方法來個別改善部分功能。其中蠻酷的獲得是知道Pubmed Labs,裡面有很多測試功能,另外如Pubtator, LitVar等工具,都可以用來改善許多在註解資料和變異的效率。在其演講中還有提到所謂的文獻搜索的概念,可能之後會閱讀他提到的文獻再做分享,很重要的技巧但常常沒有刻意練習。

會議主講人Aaron von Hooser,來自PatientsLikeMe,其分享的題目:Building a Learning System that Helps Individuals to Thrive by Connecting Their Experiences and Goals with Molecular Measures of Health. 聽完他的分享才知道原來碳雲智能(iCarbonx)的DigitalMe計畫細節是什麼,PatientsLikeMe公司便是他們這計畫的其中一員,整個聯盟有Health Tell, SomoLogic等公司。他主要分享他們目前共收集約莫3000多人的抽血和相關生理數據,他們使用了蛋白體學的資料來分析相關的資訊來產生Disease Spectrum Score來幫助作一些疾病的預測或是診斷。

會議主講人Deborah L.Mcguinness,算是Ontology領域的開啟者,目前是Tetherless World Constellation的科學家,這次他分享的題目是Semantic Data Resources Enabling Science: Building, Using, and Maintaining Ontology-Enables Biology Data Resources,簡報裡的架構感覺慢慢他的研究框架,東西蠻多的,目前他主要在做CHEAR 項目,慢慢講其延伸到臨床指引的應用,其中蠻酷的是提到他們如何設計整個框架,把如糖尿病指引,差解成semantic usage的架構。


會議主講人David Astling,來自SomaLogic,分享其公司所開發的技術Somascan Array,可以用來快速檢測檢體中大約4368個蛋白質表現量,他們進一步整合成各種風險評估的工具,比如腎臟功能、肝臟功能、心臟疾病風險等等,他們主要的試驗都是在英國那邊所執行的,再由近一步的分析,來用部分的蛋白質來設計成各式各樣的panel


會議主講人Nicole A.Vasilevsky是美國奧勒岡健康與科學大學(Oregon Health & Science University)的教授,其專長在於發展生醫領域的ontology,其中HPO和最近的Monarch 資料庫,都有她參與的影子,這次他分享的是LOINC2HPO的項目,有對生醫相關的ontology有涉略,可以知道LOINC和HPO是兩個重要的詞庫,LOINC的全名是觀測指標標識符邏輯命名與編碼系統(Logical Observation Identifiers Names and Codes,LOINC), 其字彙語意是用於標識檢驗醫學及臨床觀測指標,此已經有多年且商業化的應用,假如要使用裡面的語意和字彙庫,就必須要授權,而HPO(Human Phenotype Ontology)則是最近幾年蠻熱門,其是用來對應人類表型的語意庫,LOINC2HPO顧名思義就是要讓兩者互相鏈結,將實驗技術或是臨床指標和這些臨床表型相互結合起來,進一部往輔助診斷的功效。

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