最近因為專案的關係，不得不重新安裝一些新的R和命令行軟體包，終於拖到不能再拖的Pop!_OS(20.0 => 22.04)更新就要發生了，往好的一面想，每次重新灌系統都是一個斷捨離的重新開始，同時仔細思考自己工作實際需要的東西，這邊把過程的坑稍微紀錄一下，最主要是System76筆電假如有做硬體加密和外掛硬碟的話，使用Disk Live更新會有點狀況，另外，裝好的Pop!_OS系統，在安裝Rstudio時會發生一些狀況，因為新版的Pop!_OS所安裝的openssl、libssl是較新版本的，而新版本的Rstudio還會需要調用較舊版本的，因此會造成安裝失敗，openssl、libssl都是底層OS系統用來通訊的工具，Rstudio在安裝一些軟體時候，就會掉用這些工具來向外通訊，單獨下載openssl和libssl來安裝時，會造成這類軟體會被隔離(sandbox模式)，所以當Rstudio安裝時候，內建也會開啟sandbox模式，所以一打開會畫面全無，必須要讓其關掉no-sandbox，這塊可能等Rstudio之後的版本會解決，看來過一陣子也是要在陣痛一次。

• 備份
• 準備Pop!_OS安裝USB
• 用Pop!_OS原生的應用程式安裝基本款軟體
• 用命令行安裝R和Miniconda
• 補完Rstudio安裝檔deb所需的軟體包
• 安裝Rstudio的deb檔
• 設定命令行和桌面開啟流程，不以sandbox模式開啟

Linux筆電：System76和他們發行的Pop!_OS

Linux系統是生物資訊或是開源軟體的天堂重鎮，很多分析軟體都原生於Linux系統，Linux系統本質上已經是三十年歷史發展的操作系統，從其中開枝落葉的發行版本非常多，另外，其實Linux系統原生的筆電並沒有那麼多，目前大概是Windows和Mac兩大體系為主，Mac操作系統本質上跟Linux是相合的，同屬Unix的後代，所以在命令行環境下的指令大多是共通，但Mac硬體的價錢實在是有點貴，所以兩年前多開始搜尋性價比比較可以接受的硬體，後來變發現System76，一個專做Linux硬體設備商，大概可以用1/3價格取得跟MAC同等規格的筆電，且客製化程度蠻高的，送到台灣是沒有問題的。

Pop!_OS的隨身碟重灌: Disk Live 搭配ISO

整個流程比想像中順利，從下載網頁挑選想要的iso版本後，可以直接使用Pop!_OS的Disk工具，他蠻方便的，可以直接將你剛下載好的iso燒到USB裡面，記得確保你的USB檔案已經備份，大小大概3Gb多，還原好後就可以重新開機來利用USB開機。

假如使用System76的話，重新開機後，可以按ESc，就可以進入特殊的選單來進行安裝。

從Pop!_Shop安裝：Tilix, Visual Code Studio, Obsidian

安裝好後，本身Pop!_OS就有一些蠻好用的工具，比如他本身就有一些原生GUI的應用程式商店可以用來安裝下載一些常用開源軟體，比如Tilix、Visual Code Studio和Obsidian，都在Pop!_OS應用程式商店中可以點選安裝。

安裝Miniconda管理NGS相關的命令行工具

本質上來說，Pop!_OS是源自Ubuntu的版本，所以有些底層工具是共通的，比如你可以使用apt-get install來安裝工具，比如vim之類的，另外，許多生物資訊工具目前都會使用Anaconda系統來做封包管理，而比較喜歡輕版本的話，則可以安裝Miniconda版本，方式也很單純，直接針對適合的Python版本來下載，下載後，直接：

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

接者便可以開始設定bioconda的頻道，這樣就可以直接用conda來下載跟生物資訊相關的命令行工具

conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge

像是samtools、bwa、minimap2、seqkit、fastqc、bedtools、vcftools、gatk等等都可以使用conda來管理，非常方便。

設定R和Rstudio

在設定R和Rstudio就比較麻煩一點，後來發現Rstudio底層運行的一些程式庫，在最新版的Pop!_OS中，無法調用，就變成要手動的安裝。

sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base
sudo apt-get install gdebi-core

這樣就完成R程式的安裝，順便安裝gdebi，一個可以用來deb安裝的軟體，接者便是從Rstudio官網來下載你要的版本，我下載完後，基本上就會有一個檔案：rstudio-2022.02.0-443-amd64.deb，可以使用

sudo apt install -f ./rstudio-2022.02.0-443-amd64.deb

安裝開始後，便發生錯誤，他發現無法抓取到libssl1.0.2, libssl1.1的軟體，後來發現必須要手動下載。

Reading package lists... Done<br>Building dependency tree... Done<br>Reading state information... Done<br>Note, selecting 'rstudio' instead of './rstudio-2022.02.0-443-amd64.deb'<br>Some packages could not be installed. This may mean that you have<br>requested an impossible situation or if you are using the unstable<br>distribution that some required packages have not yet been created<br>or been moved out of Incoming.<br>The following information may help to resolve the situation:<

The following packages have unmet dependencies:<br> rstudio : Depends: libssl1.0.0 but it is not installable or<br>                    libssl1.0.2 but it is not installable or<br>                    libssl1.1 but it is not installable<br>E: Unable to correct problems, you have held broken packages.

所以先直接到debia的官訪軟體庫，便能直接下載，主要是參考下面這篇來解決這類問題。Ubuntu的下載網址為http://security.ubuntu.com/ubuntu/pool/main/o/openssl1.0/和https://packages.debian.org/stretch/amd64/libssl1.0.2/download。

下載後，先安裝，安裝後就可以成功的來建置rstudio的軟體。打開後，還發生Rstudio的畫面呈現空白，後來發現必須要使用特殊參數，像是

rstudio --no-sandbox # solve problem
##change: .bashrc
##add "export RSTUDIO_CHROMIUM_ARGUMENTS="--no-sandbox"

##change: /usr/share/applications/rstudio.destop
##==>
#Exec=/usr/lib/rstudio/bin/rstudio %F
##Exec=bash -c "/usr/lib/rstudio/bin/rstudio %f --no-sandbox"