2023 生物資訊學習資源彙整

最近在Twitter上看到Ming Tommy Tang的分享關於生物資訊學習資源,想說就稍微紀錄一下,這邊也順便把之前寫過的一些關於資源類的文章匯集一起。

次世代定序資料分析學習資源(NGS analysis learning material)

2021 鐵人賽-AI, Data和生物資訊

這邊是原始的Twitter連結,我們把內容轉化為中文資訊,方便有興趣的人可以搜索得到。

哈佛大學生物統計教授Rafael Irizarry所建立的HarvardX Biomedical Data Science Open Online Training,內容涵蓋由淺入手,由理論到實務,由桌面端到雲端,主要是以R和Python為主。

  • Data Analysis for the Life Sciences Series
    • Statistics and R
    • Introduction to Linear Models and Matrix Algebra
    • Statistical Interference and Modeling for High-throughput Experiments
    • High-Dimensional Data Analysis
  • Genomics Data Analysis Series
    • Introduction to Bioconductor: Annotation and Analysis of Genomes and Genomic assays
    • High-performance computing for reproducible genomics with Bioconductor
    • Case Studies in functional Genomics
    • Using Python for Research

猶他大學的人類基因體學教授Aaron Quinlan,本身是bedtools作者,他的課程Applied Computational Genomics,有教學影片和相關簡報。這邊可以稍微看一下他的上課大綱:

  • Course Overview and Intro to Unix
  • Pattern searching in the human genome
  • Data frames and Importing Data
  • Intro to the tidyverse
  • DNA sequencing technologies
  • FastQ format and tools
  • Sequence mapping and alignment
  • Samtools and IGV
  • Poisson Processes in Biology
  • An introduction to awk and bioawk
  • Genetic Variation
  • SNP and INDEL discovery
  • Rates and patterns of human germline variation
  • VCF format, Hardy Weinberg Equilibrium, VCF toolkits
  • VCF annotation and interpretation
  • Genome Annotation and Resources
  • Genome Annotation Formats
  • Genome arithmetic with bedtools
  • Monte Carlo simulations and more on UNIX
  • Descriptive plots. The Central Limit Theorem

猴子演算法課程Bioinformatic Algorithms,是由Carnegie Mellon University教授Phillip Compeau(本身也創辦Rosalind,有點像是生物資訊領域的leetcode)和UCSD教授Pavel Pevzner所一起規劃的,其內容有影片、Coursera課程、電子書、互動式網頁等等不同的媒介來學習,主要針對生物問題展開,並且討論背後所衍生的演算法,算是很棒的學習素材,另一方面,也能理解生物資訊的重點不是只有程式,而是如何問問題和做假設:

  • Origin of replication
  • DNA patterns related to Molecular Clocks
  • Assemble Genomes
  • Sequence Antibiotics
  • Compare Biological Sequences
  • Fragile Regions in the Human Genome
  • Which Animal Gave Us SARS
  • How Did Yeast Become a Wine Maker
  • How Do we Locate Disease-Causing Mutation
  • Why Have Biologists still not developed an HIV Vaccine
  • Was T. rex Just a Big Chicken

Biostar創辦人Istvan Albert教授其所規劃的一系列電子書和課程,相對上面的資源來說,算是比較輕量等級的素材,內容定位在淺顯實用。

  • The Biostar Handbook
  • The Art of Bioinformatics Scripting
  • RNA-Seq by Example
  • Corona Virus Genome Analysis
  • Biostar Workflows

約翰霍普金斯的教授Michael Schatz 其所開設的Computational Genomics : Applied Compaative Genomics,在2018年的版本有提供簡報,最近兩年的則是有提供課程大綱和推薦閱讀。

  • Genomic Technologies
  • Whole Genome Assembly
  • Whole Genome Assembly and Alignment
  • The human genome and intro to long reads
  • Genomics in the Cloud
  • Read mapping
  • Variant Analysis
  • Structural Variant Analysis and Pangenomics
  • Genome Arithmetic and Plane Sweep
  • Machine Learning Primer
  • Functional Analysis
  • Human Evolution
  • Huan Genetic Disease
  • Cancer Genomics
  • Microbiome and Metagenomics
  • Genomic Futures

麻省理工學院計算生物學領域的教授Manolis Kellis則是開始蠻多機器學習/深度學習在生物醫學應用的主題,內容以啟發為主,細節則是依賴課後的閱讀,其涵蓋範圍相當廣泛。Github連結

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