samtools是在inspect或是處理bam/sam黨非常重要的工具，這邊簡單介紹他的功能和基本語法使用。

基本上，samtools對於sam/bam檔案有三大功能：

    第一 ，就是檔案格式的轉換（bam to sam/sam to bam）

    第二，sam/bam reads的篩選，過濾、查看

    第三，進階的variant calling分析（mpileup）

一 、檔案格式的轉換

我們可以使用samtools將bam檔儲存成sam黨，反之亦然，雖然tools一開始的defaut是input bam，但都是可以調整的。

bam 轉 sam:   $samtools view input.bam >output.sam

sam 轉 bam:   $samtools view -b input.sam > output.bam

二、篩選，過濾、查看sam/bam

排序bam檔案： ＄samtools sort -f input.bam output.bam

索引bam檔案： ＄samtools index input.bam (會跑出 *.bai 檔案 )

通常再匯入IGV或是某些軟體前會需要進行這兩個步驟

過濾特定flag的reads

留下特定flag的reads $samtools view -f [FLAG value]

濾掉特定flag的reads $samtools view -F [FLAG value]
(關於samformat的flag可參考此)

可以看alignment的depth和reads mapping status，這功能蠻好用的！

看每個reference序列定序深度
＄ samtools depth data.bam
綠色框框代表每個序列對應到的reads疊加數

＄samtools idxstates data.bam
黃色代表是左邊染色體上有被mapped上的reads數量，右邊代表的是unmapped量

第三種功能則是calling variant

這邊就需要調整比較多參數，其實這些功能蠻方便的，可以快速地瞭解整體bam檔的狀態！

關於sam/bam 檔案格式可以參考這篇